LEfSe[1]是一種用于發(fā)現(xiàn)高維生物標(biāo)識和揭示基因組特征的軟件也榄。包括基因撇贺,代謝和分類赌莺,用于區(qū)別兩個或兩個以上生物條件(或者是類群)。該算法強(qiáng)調(diào)的是統(tǒng)計意義和生物相關(guān)性松嘶。讓研...
線性判別分析(LDA) Linear Discriminant Analysis 用途:數(shù)據(jù)預(yù)處理中的降維翠订,分類任務(wù) 歷史:Ronald A. Fisher在1936年提出了...
計數(shù)歸一化和主成分分析 在獲得我們的高質(zhì)量單細(xì)胞后巢音,單細(xì)胞 RNA-seq (scRNA-seq) 分析工作流程的下一步是執(zhí)行聚類。聚類的目標(biāo)是將不同的細(xì)胞類型分成獨特的細(xì)胞...
主成分分析 基本思想: 實質(zhì)上是將多個指標(biāo)綜合成少數(shù)幾個指標(biāo)的方法尽超。 主成分分析是利用降維的方法官撼,在確保數(shù)據(jù)信息損失最小的原則下,把多個指標(biāo)轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個綜合指標(biāo)的一種對多變...
在微生物多樣性分析的報告中主要包括五個部分:Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析辐益、物種組成分析断傲、進(jìn)化關(guān)系分析、差異分析智政,其中Alpha多樣性分析是生態(tài)學(xué)中生物多樣性的一個...