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LEfSe[1]是一種用于發(fā)現(xiàn)高維生物標識和揭示基因組特征的軟件戚长。包括基因批钠,代謝和分類宇植,用于區(qū)別兩個或兩個以上生物條件(或者是類群)。該算法強調(diào)的是統(tǒng)計意義和生物相關性价匠。讓研...
線性判別分析(LDA) Linear Discriminant Analysis 用途:數(shù)據(jù)預處理中的降維踩窖,分類任務 歷史:Ronald A. Fisher在1936年提出了...
計數(shù)歸一化和主成分分析 在獲得我們的高質(zhì)量單細胞后,單細胞 RNA-seq (scRNA-seq) 分析工作流程的下一步是執(zhí)行聚類晨横。聚類的目標是將不同的細胞類型分成獨特的細胞...
主成分分析 基本思想: 實質(zhì)上是將多個指標綜合成少數(shù)幾個指標的方法洋腮。 主成分分析是利用降維的方法箫柳,在確保數(shù)據(jù)信息損失最小的原則下,把多個指標轉(zhuǎn)化為少數(shù)幾個綜合指標的一種對多變...
在微生物多樣性分析的報告中主要包括五個部分:Alpha多樣性分析钠右、Beta多樣性分析赋元、物種組成分析、進化關系分析、差異分析搁凸,其中Alpha多樣性分析是生態(tài)學中生物多樣性的一個...