R語(yǔ)言學(xué)習(xí)筆記精選
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：吉林
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遺傳相關(guān)分子生物學(xué)技術(shù)
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在線工具網(wǎng)站汞贸，生物分析的一些網(wǎng)站或者數(shù)據(jù)庫(kù)之類的文章侥蒙。??相關(guān)的文章會(huì)在收錄時(shí)間上相近癞蚕，請(qǐng)點(diǎn)擊『最新收錄』 ?????????????????????????? ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)，比如Ensembl辉哥、Phytome ?? 癌癥分析網(wǎng)站桦山，比如GEPIA、cBioportal ?? 系統(tǒng)發(fā)育樹的美化醋旦，比如iTOL ?? 基因注釋恒水，比如Metascape、KASS ?? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)饲齐，比如pfam钉凌、SMART ?? 在線繪制統(tǒng)計(jì)圖，比如Venny ?? 序列比對(duì)捂人，比如blast ?? 引物設(shè)計(jì)御雕，比如primer3、primer-blast ?? 文獻(xiàn)下載滥搭，比如sci-hub酸纲，文獻(xiàn)鳥 ?? 。瑟匆。闽坡。
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生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門交叉科學(xué)疾嗅，它包含了生物信息的獲取外厂、加工、存儲(chǔ)代承、分配汁蝶、分析、解釋等在內(nèi)的所有方面论悴，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)穿仪、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義意荤。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生啊片，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域，為生物學(xué)玖像、計(jì)算機(jī)科學(xué)紫谷、數(shù)學(xué)、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
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農(nóng)學(xué)跨生信，之前總覺得握恳，沒人教瞒窒，怕走彎路，遲遲不肯踏踏實(shí)實(shí)從基礎(chǔ)一點(diǎn)一點(diǎn)積累慢慢學(xué)起乡洼。一會(huì)看看生物崇裁，一會(huì)寫寫代碼，抓不住重點(diǎn)也沒有提高束昵。 后來關(guān)注了生信技能樹拔稳，還蹭了建設(shè)人Jimmy大佬組織的線下聚會(huì)，聽到幾位大佬介紹后锹雏，發(fā)現(xiàn)他們都是自學(xué)巴比，自己摸索的，并且給我強(qiáng)調(diào)了記筆記的重要性礁遵。 這是一個(gè)對(duì)知識(shí)管理的過程轻绞，記錄下學(xué)習(xí)的一點(diǎn)一滴，寫下來的筆記是給自己的（有時(shí)候會(huì)覺得寫的不好佣耐，也不敢分享出來政勃，沒有正向激勵(lì)，漸漸就不寫了）晰赞，當(dāng)然如果也可以像大佬們那樣對(duì)他人的學(xué)習(xí)起到幫助稼病，我也會(huì)覺得非常榮幸和開心吶。 加油啦～～
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生物信息學(xué)
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一些生物信息學(xué)用到的軟件芍瑞，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades褐墅、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast拆檬、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega妥凳、clustalW竟贯、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS逝钥、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree屑那、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK艘款、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o持际、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO哗咆、QUAST ?? 可視化工具比如IGV蜘欲、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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生信必備生物知識(shí)
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作為生信菜鳥盛泡，雖然之前用 R 畫了不少圖闷祥，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)，感覺 R 的知識(shí)不系統(tǒng)傲诵，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語(yǔ)言凯砍。在這里把讀書筆記整理出來，入門書籍包括《R 語(yǔ)言編程藝術(shù)》拴竹、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》悟衩、《R 語(yǔ)言實(shí)戰(zhàn)》、《R 語(yǔ)言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》栓拜。
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客挑势，需要你的參與镇防。 ……………………………… 歡迎在簡(jiǎn)書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題潮饱，貢獻(xiàn)你的文字来氧，無(wú)論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你香拉，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫(kù)啦扬、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集凫碌、整理扑毡，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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