往期教程 「群體遺傳學實戰(zhàn)」第一課: 對SNP位點進行注釋 「群體遺傳學實戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點過濾 SNP過濾...
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「群體遺傳學實戰(zhàn)」第三課: 如何對SNP位點進行過濾
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推薦一款好用的基因結構圖在線繪制工具！科研繪圖是一項基本技能，之前為大家分享過一期我們組學大講堂繪圖工具合集：收藏貼-繪圖工具教程合集-科研必需技能宙暇！共20類37種繪圖方法输枯，基本涵蓋...
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「代碼記錄」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼，實現(xiàn)了導出gene2module 目的 最近有個項目又準備跑WGCNA占贫，...
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SNP在染色體上的密度分布圖有兩種方法桃熄，先看比較簡單的一種： 結果： 第二種方法就比較復雜了，需要準備兩個文件：一個是包含染色體長度的文件chr_length.txt...
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進化保守的基因區(qū)塊-可視化挖掘
寫在前面 物種進化與基因進化型奥，兩者總是生物學研究的關注點之一蜻拨。物種進化的基礎，應是基因層面的演化桩引。而基因進化的基礎更多的來源于基因復制缎讼。常見的基...
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motifmatchr: 在R語言中分析peak中里是否有motif匹配
motifmatchr的作用就是分析眾多的序列和眾多的motifs, 從中找到哪個序列包含哪個motif. 它的核心函數(shù)就是matchMotif...
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HMMRATAC檢測ATAC數(shù)據(jù)的開放性
背景 目前，已經(jīng)衍生出多種用于檢測染色質開放性的試驗方法坑匠。比如血崭， DNase-seq， FAIRE-seq和ATAC-seq厘灼，其中ATACA-s...
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「BioNano系列」如何進行cmap之間的比對BioNano以cmap格式存放光學圖譜夹纫，為了評估基因組的組裝質量或者了解光學圖譜中冗余情況(高雜合基因組組裝結果偏大)，我們就需要進行cmap...
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使用NextDenovo組裝Nanopore數(shù)據(jù)
NextDenovo是武漢未來組胡江博士團隊開發(fā)的一個三代組裝工具设凹，能夠用于PacBio和Nanopore數(shù)據(jù)的組裝舰讹。但是從官方的介紹而言，此工...
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「JCVI教程」如何基于物種的CDS的blast結果繪制點圖(dotplot)這是唐海寶老師GitHub上的JCVI工具的非官方說明書闪朱。該工具集的功能非常多月匣，但是教程資料目前看起來并不多，因此為了能讓更多人用上那么好用的工...
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