-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
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Dfoil - 推斷祖先基因流 -
如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點魄眉？
需求 客戶的一個簡單需求： 我有一批功能基因位點，想從重測序的群體材料中找到這些位點闷袒，如何批量快速獲得坑律？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現(xiàn) run.sh...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析囊骤，也是多響應變量（multi-...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中晃择，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化淘捡，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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可以自動找新的可用的[更新] zlibrary最新入口
2024/06/30需翻墻https://zh.singlelogin.re/[https://zh.singlelogin.re/]https://zlibrary-glo...
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使用EGGNOG-Mapper對非模式物種快速進行GO或KEGG注釋對于非模式物種焦除，需要做GO或KEGG富集激况，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對你的物種序列進行快速注釋。在注釋結果文件中膘魄，可以同時獲得序列映射上的GO號或KO號乌逐，直接提...
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請教一下，請問你后來解決了嗎创葡？
我也遇到了這個問題浙踢。種群歷史研究：MSMC軟件安裝
前言 種群歷史動態(tài)研究常用軟件有PSMC灿渴、MSMC洛波、SMC++胰舆，小編接下來帶你安裝MSMC 安裝所需環(huán)境 （一）D編譯器 安裝DMD，官網(wǎng)DMD[http://dlang.o...
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宏基因組學/群體遺傳學 方向
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https://github.com/joanam/scripts/blob/master/convertVCFtoEigenstrat.sh
使用AdmixTools(admixr)做D-statistics
ADMIXTOOLS是David Reich實驗室開發(fā)的軟件包倦零，在群體遺傳學中，用于計算和測試群體混合統(tǒng)計吨悍，驗證雜交事件扫茅。R包admixr是實現(xiàn)ADMIXTOOLS的一種直接...
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ggplot2畫圖：legend整理(title/position/order...)修改一組legend葫隙，導入iris數(shù)據(jù)集，默認畫圖： 修改legend的題目 (title) 修改legend的位置 (position) 修改位置有兩種方式躏仇，一種是直接給出...
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【R】提取 PCA 結果并利用 ggplot2 進行可視化
最近停蕉，師妹在利用 R 對 PCA 結果進行可視化時遇到了一些問題，她說不太明白 ggplot2 怎么用在 PCA 結果上钙态，那就安排吧慧起。 PCA、PCoA册倒、NMDS蚓挤、RDA 等...
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多重比較-Bonferroni法和Benjamini & Hochberg法本次筆記主要介紹多重比較下兩種常用的矯正P值的方法：Bonferroni法和Benjamini & Hochberg法（BH法） 多重比較問題 假設檢驗的基本原理是小概率原理...
