-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：遼寧
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Dfoil - 推斷祖先基因流 -
如何從vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位點(diǎn)蒜埋？
需求 客戶的一個(gè)簡(jiǎn)單需求： 我有一批功能基因位點(diǎn)，想從重測(cè)序的群體材料中找到這些位點(diǎn)啦吧，如何批量快速獲得绿店？ 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實(shí)現(xiàn) run.sh...
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冗余分析（RDA）——R包vegan從概念上講，冗余分析（redundancy analysis, RDA）是響應(yīng)變量矩陣與解釋變量矩陣之間多元多重線性回歸的擬合值矩陣的PCA分析铸史，也是多響應(yīng)變量（multi-...
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潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm在自然群體（區(qū)別于強(qiáng)人工選擇）中鼻疮，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化琳轿，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個(gè)體表型的選擇...
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使用EGGNOG-Mapper對(duì)非模式物種快速進(jìn)行GO或KEGG注釋對(duì)于非模式物種崭篡，需要做GO或KEGG富集挪哄，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對(duì)你的物種序列進(jìn)行快速注釋。在注釋結(jié)果文件中琉闪，可以同時(shí)獲得序列映射上的GO號(hào)或KO號(hào)迹炼，直接提...
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請(qǐng)教一下，請(qǐng)問你后來解決了嗎颠毙？
我也遇到了這個(gè)問題斯入。種群歷史研究：MSMC軟件安裝
前言 種群歷史動(dòng)態(tài)研究常用軟件有PSMC、MSMC蛀蜜、SMC++刻两，小編接下來帶你安裝MSMC 安裝所需環(huán)境 （一）D編譯器 安裝DMD，官網(wǎng)DMD[http://dlang.o...
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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https://github.com/joanam/scripts/blob/master/convertVCFtoEigenstrat.sh
使用AdmixTools(admixr)做D-statistics
ADMIXTOOLS是David Reich實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的軟件包偏瓤，在群體遺傳學(xué)中，用于計(jì)算和測(cè)試群體混合統(tǒng)計(jì)椰憋，驗(yàn)證雜交事件厅克。R包admixr是實(shí)現(xiàn)ADMIXTOOLS的一種直接...
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ggplot2畫圖：legend整理(title/position/order...)修改一組legend证舟，導(dǎo)入iris數(shù)據(jù)集，默認(rèn)畫圖： 修改legend的題目 (title) 修改legend的位置 (position) 修改位置有兩種方式窗骑，一種是直接給出...
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【R】提取 PCA 結(jié)果并利用 ggplot2 進(jìn)行可視化
最近女责，師妹在利用 R 對(duì) PCA 結(jié)果進(jìn)行可視化時(shí)遇到了一些問題，她說不太明白 ggplot2 怎么用在 PCA 結(jié)果上创译，那就安排吧抵知。 PCA、PCoA、NMDS刷喜、RDA 等...
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多重比較-Bonferroni法和Benjamini & Hochberg法本次筆記主要介紹多重比較下兩種常用的矯正P值的方法：Bonferroni法和Benjamini & Hochberg法（BH法） 多重比較問題 假設(shè)檢驗(yàn)的基本原理是小概率原理...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
