日常瞎掰 ??在HiC的交互矩陣?yán)锢龊福S著基因組距離的增加，染色體片段之間的交互頻率降低住闯。通過染色體距離與交互頻率間的這樣關(guān)系您宪，我們可以獲知全基因組范圍內(nèi)的pattern痕惋。并且...
發(fā)簡信
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HiC | contacts vs distance -
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scanpy踩坑實錄日常瞎掰 ??最近在分析scRNA-seq的數(shù)據(jù)笆怠，三個樣本數(shù)據(jù)不大，用Seurat分析真的很香誊爹！奈何又要下載公共數(shù)據(jù)的樣本蹬刷，這樣一搗騰瓢捉，Seuart倒顯得有些力不從心了，何也...
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雙曲線火山圖一鍵拿捏日常瞎掰 ??火山圖作為展示差異基因的首選某弦，可以說是生信分析常見的圖形了。常規(guī)的火山圖會在x而克、y軸方向上添加垂直參考線刀崖，以方便區(qū)分滿足閾值的差異基因。常規(guī)的火山圖這里就不多了...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 ??HiC-seq可以用來研究基因組范圍內(nèi)的染色體片段之間的交互情況拍摇，這其中會涉及到染色質(zhì)區(qū)室(A/B compartments)的變化情況亮钦。HiC的相關(guān)概念這里不...
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R繪圖配色總結(jié)日常瞎掰 ??一圖勝千言，說明了其作為一種展現(xiàn)形式在呈現(xiàn)數(shù)據(jù)結(jié)果時的重要性充活。雖說圖的本質(zhì)是用來展示結(jié)果蜂莉，其最主要的功能是以簡單的形式說明數(shù)據(jù)中蘊含的意義，但有時候好看的外表也...
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ChIPseeker繪圖函數(shù)借用
日常瞎掰 ??對于ChIP-seq混卵、ATAC-seq等這樣捕獲基因組富集區(qū)域(即分析結(jié)果中peak)的技術(shù)映穗，大家多多少少應(yīng)該有所耳聞。在分析這類測序數(shù)據(jù)的時候幕随，必不可少的步驟...
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PASTIS：從HiC矩陣推斷染色體3D結(jié)構(gòu)
前言 ??HiC數(shù)據(jù)的另外一個用途就是可以推斷染色體的3D結(jié)構(gòu)蚁滋。小編也是第一次做染色體三維推斷的分析，而網(wǎng)絡(luò)上也很少能找到關(guān)于此分析的帖子赘淮，所以在這過程中也是踩了不少的坑辕录，所...
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scRNAseq：h5文件轉(zhuǎn)化為matrix表達(dá)矩陣前言 ??今天想跟大家分享一下單細(xì)胞分析中的一個需求，就是如何將h5的表達(dá)量文件轉(zhuǎn)化為常見的表達(dá)矩陣梢卸。大部分情況下走诞，我們是不需要用到這個需求，因為通常我們見到的表達(dá)量文件是下...
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DNA甲基化知識概述DNA甲基化的前世今生 ??DNA甲基化作為一種可遺傳的表觀遺傳修飾蛤高，在生物個體的生長發(fā)育與繁殖過程中蚣旱，維持遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性是至關(guān)重要的。在真核生物基因組中戴陡，編碼基因僅僅占一...
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可視化：barplot??今天繼續(xù)分享生信分析中常見的圖形 -- barplot开皿。繪制的過程分別采用R基礎(chǔ)函數(shù)barplot和ggplot2涧黄，這樣可以比較一下繪制過程的差別篮昧，讓我們一起來看看散裝和...
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ChromHMM： 染色體狀態(tài)的分類前言 ??時間過的真快，一轉(zhuǎn)眼距離上一次發(fā)帖已經(jīng)過去兩周的時間笋妥，不知道這兩周時間自己都忙了些啥懊昨，時間就沒有了。真的是越窮越忙春宣，越忙越窮敖桶洹！ ??上周測試了一個軟件——Chro...
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R語言書籍免費送月帝！
??春節(jié)假期告一段躏惋，小編也已經(jīng)返工開始新的一年勞作，其實假期告罄應(yīng)該是上周的事情嚷辅，但是由于小編偷了個懶沒有更貼簿姨。畢竟，在長輩的記憶里“過了元宵簸搞，這年才算真正的過完”扁位，這樣美好...
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ChIP-seq數(shù)據(jù)質(zhì)控日常瞎掰 ??ChIP-seq可以用來研究某種轉(zhuǎn)錄因子或者組蛋白(后面統(tǒng)稱為蛋白因子吧)在基因組上的結(jié)合位置，從而來確定蛋白因子可能調(diào)控的靶基因趁俊，繼而推測出在生物過程中的相關(guān)...
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ChatGPT域仇！見證AI的力量！日常瞎掰 ??最近網(wǎng)絡(luò)上出現(xiàn)頻率最多的詞莫過ChatGPT寺擂，這足以說明其受歡迎的程度暇务。那么，它的實力到底如何呢怔软？從網(wǎng)絡(luò)上出現(xiàn)的帖子也許可以窺見一二垦细。帶著這種好奇與崇拜，期待與...
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html5 學(xué)習(xí)總結(jié)前言 html5爽雄、css學(xué)習(xí)總結(jié)蝠检。每天花一個小時的學(xué)習(xí)時間沐鼠，經(jīng)過兩周多學(xué)習(xí)挚瘟，終于對 html 和 css 基本規(guī)則有了一定的了解。語法雖然挺簡單饲梭，但知識點還是很多的乘盖，想要完全...
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metacell： scRNAseq聚類和細(xì)胞類型注釋的R包scRNAseq可謂是目前科研界研究細(xì)胞異質(zhì)性的有效手段，正處于如火如荼的階段憔涉。單細(xì)胞分析一個很重要目的就是為了確定細(xì)胞的類型订框。說到單細(xì)胞分析，大家第一時間想到的肯定...
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R數(shù)據(jù)分組且合并重復(fù)的列
在用R語言做數(shù)據(jù)處理時兜叨，通常使用的數(shù)據(jù)類型是數(shù)據(jù)框（可類比于excel表格穿扳，這樣腦海中會有一個直觀的印象）衩侥。那么數(shù)據(jù)清理過程中就會需要做各種變化和統(tǒng)計，比如按某些變量來分組并...