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使用泊松分布判定chipseq的蛋白結(jié)合位點(diǎn)
二項(xiàng)分布和泊松分布都描述的是事件成功次數(shù)的分布刁岸，泊松分布是二項(xiàng)分布的極限分布耘子，其適用條件是n很大果漾，p很小的情況。生物學(xué)中一些過程可以使用二項(xiàng)分布...
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使用viz-palette可視化你的配色方案
數(shù)據(jù)分析時(shí)我們經(jīng)常會(huì)遇到多組treatment和control谷誓，多個(gè)細(xì)胞系绒障，多種組學(xué)數(shù)據(jù)類型的情況，用ggplot或者matplotlib作圖時(shí)...
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R語言 | 用image函數(shù)繪制熱圖heatmapR語言中繪制熱圖heatmap的包（package）有很多捍歪，除了許多炫酷的第三方包外户辱，系統(tǒng)自帶的image函數(shù)使用起來也十分方便靈活。 1.主要...
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RegulomeDB和HaploReg數(shù)據(jù)庫：后GWAS時(shí)代的數(shù)據(jù)整合
RegulomeDB和HaploReg數(shù)據(jù)庫提供了將大量基因組學(xué)數(shù)據(jù)與非編碼突變整合的思路糙臼。 1.背景 GWAS研究產(chǎn)生了大量的SNP庐镐，大部分在...
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使用REST API批量下載ENCODE數(shù)據(jù)本篇主要內(nèi)容 本篇主要介紹兩種方法，搜索并批量下載ENCODE數(shù)據(jù)变逃。 方法一：在頁面中搜索并獲取下載地址 進(jìn)入ENCODE portal主頁：h...
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玩轉(zhuǎn)ENCODE項(xiàng)目的數(shù)據(jù)資源（一）本系列主要內(nèi)容 介紹ENCODE的數(shù)據(jù)概況必逆，在data portal上查詢數(shù)據(jù)，使用REST API批量下載數(shù)據(jù)，參照ENCODE官方數(shù)據(jù)處理流...
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基因組學(xué)數(shù)據(jù)分析常用的在線資源
奮斗在人類組學(xué)數(shù)據(jù)分析的一線名眉，要隨時(shí)跟上最新的研究進(jìn)展粟矿。大型的研究項(xiàng)目會(huì)有全面的數(shù)據(jù)集和可視化工具，也有專門從各個(gè)數(shù)據(jù)源收集數(shù)據(jù)整合而成的數(shù)據(jù)庫...
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生物信息工程師的編程語言清單
作為一名生物信息“工程師”损拢，日常的工作環(huán)境是基于Unix的計(jì)算機(jī)集群陌粹，因此最常用的就是shell腳本。它可以簡單的處理數(shù)據(jù)福压，再加上迷你語言sed...