7. 差異分析 將基因計(jì)數(shù)導(dǎo)入 R/RStudio 工作流程完成后揪利，您現(xiàn)在可以使用基因計(jì)數(shù)表作為 DESeq2 的輸入跟压，使用 R 語(yǔ)言進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析腾么。 7.1. 安裝R包 7....
發(fā)簡(jiǎn)信
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RNA-seq 保姆教程：差異表達(dá)分析（二） -
hdWGCNA：?jiǎn)渭?xì)胞WGCNA分析方法WGCNA原理和分析流程[http://www.reibang.com/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[https://www.jian...
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【R>>barplot】堆疊柱狀圖+百分比展示看文獻(xiàn)是經(jīng)常發(fā)現(xiàn)有堆疊柱狀圖+百分比展示的例子，下面就來(lái)復(fù)現(xiàn)下這樣的圖形。下圖中的C圖。 以IMvigor210免疫治療隊(duì)列數(shù)據(jù)為例： 1.輸入數(shù)據(jù) 輸入數(shù)據(jù)rt是兩個(gè)因子變...
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公眾號(hào) 生信小課堂
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8+純生信，以某種細(xì)胞相關(guān)基因進(jìn)行腫瘤分型塑猖，可升級(jí)竹祷！本文屬于單腫瘤分型思路，類(lèi)似的分型文章我們也解讀過(guò)很多羊苟。 8+純生信塑陵，不到兩個(gè)月接收！腫瘤分型火爆進(jìn)行中蜡励，可重復(fù)令花！[http://mp.weixin.qq.com/s?__b...
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（實(shí)用工具）在線(xiàn)版Rstudio：隨時(shí)隨地進(jìn)行R數(shù)據(jù)分析和學(xué)習(xí)目前有越來(lái)越多的人熱衷于生信分析和學(xué)習(xí)，R無(wú)疑是很多人的選擇凉倚，但是初學(xué)者首先需要安裝R兼都，再安裝R的編輯器---Rstudio，還是比較麻煩的稽寒。對(duì)于老手來(lái)說(shuō)扮碧，當(dāng)然安裝已經(jīng)沒(méi)有任...
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R包pheatmap繪制熱圖前言:歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)：生信天團(tuán)本文微信連接：R包pheatmap繪制熱圖此文參考自B站孟浩巍的系列視頻[1]代碼，利用個(gè)人測(cè)序數(shù)據(jù)繪圖杏糙，現(xiàn)學(xué)現(xiàn)賣(mài)慎王，不足之處，請(qǐng)多指教宏侍； 1...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖PCA和差異基因圖是生信技能樹(shù)[生信爆款入門(mén)課程]GEO數(shù)據(jù)挖掘的重點(diǎn)赖淤。為拓展課堂所學(xué)知識(shí)，現(xiàn)在找一個(gè)數(shù)據(jù)集對(duì)他們做下練習(xí)總結(jié)谅河。 1.主成分PCA 圖---- 2.top 1...
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三種差異分析的整理針對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù)咱旱，目前常用差異分析的R包有edgeR、limma绷耍、DESeq2吐限，做一簡(jiǎn)單比較，方便平時(shí)分析锨天。內(nèi)容多為搬運(yùn)毯盈，主要方便下次尋找剃毒。 1. 三種分析方法的比較 ...
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零代碼——使用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行富集分析本文首發(fā)于“生信大碗”公眾號(hào)病袄，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處 上次我們介紹了使用GEO2R進(jìn)行零代碼差異分析[http://www.reibang.com/p/06dc4145fa47]篩...
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R語(yǔ)言主成分分析(PCA)加“置信橢圓”
使用R語(yǔ)言為PCA散點(diǎn)圖加置信區(qū)間的方法搂赋，我知道的有三種，分別是使用ggplot2,ggord,ggfortify三個(gè)包去繪制益缠。后面兩個(gè)R包是基于ggplot2的快捷返方法脑奠。...
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R語(yǔ)言主成分分析（PCA）加置信橢圓使用R語(yǔ)言為PCA散點(diǎn)圖添加置信區(qū)間，可以使用ggplot2幅慌，ggord去繪制宋欺。 使用R自帶數(shù)據(jù)集iris的前4列進(jìn)行主成分分析，主要使用R的prcomp()基礎(chǔ)函數(shù)胰伍。 使用...
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TCGA新版數(shù)據(jù)庫(kù)表達(dá)矩陣提取本文首發(fā)于公眾號(hào)：醫(yī)學(xué)和生信筆記 醫(yī)學(xué)和生信筆記齿诞，專(zhuān)注R語(yǔ)言在臨床醫(yī)學(xué)中的使用，R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析和可視化骂租。主要分享R語(yǔ)言做醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)祷杈、meta分析、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)渗饮、臨床預(yù)測(cè)模型但汞、機(jī)...
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來(lái)自不同平臺(tái)GEO數(shù)據(jù)批次效應(yīng)除去批次效應(yīng)除去-GEO案例分析 最近分析來(lái)自不同平臺(tái)的GEO數(shù)據(jù)，GEO分析推薦學(xué)習(xí)Jimmy大神的B站視頻互站，也可以學(xué)習(xí)我之前的教程私蕾。limma和sva兩種方法進(jìn)行批次效應(yīng)去除...
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如果不滿(mǎn)懷希望踩叭，那滿(mǎn)懷什么呢！
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counts轉(zhuǎn)換為RPKMRPKM概念和三種計(jì)算方法[https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn?p=13]WGCNA的輸入到底是什么格式[https://...
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菜鳥(niǎo)青鹽，不務(wù)正業(yè)亡容，胡思亂想嗤疯，唯愛(ài)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析的醫(yī)學(xué)女博士，從事醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析6年的女程序媛闺兢，聯(lián)系請(qǐng)關(guān)注微信公眾號(hào)(ID：Datamedi)
