一呈础、4Dtv（四倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
發(fā)簡(jiǎn)信
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算 -
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生信軟件的使用：fastacmd的提取較大基因組序列
寫(xiě)在前面： 最近要將參考基因組(4.1G娱据，粗山羊草)的每一條染色體單獨(dú)提取出來(lái)医吊，之前我寫(xiě)過(guò)一個(gè)使用faSomeRecords的帖子基因組學(xué)5-利用faSomeRecords根...
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生信軟件的使用:bwa-mem2小測(cè)試
寫(xiě)在前面 最近在利用小麥的重測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行mapping赂蕴，小麥?zhǔn)且粋€(gè)很奇特的物種茄菊，六倍體诵棵，有ABD三個(gè)基因組抠蚣，基因組大小約為17Gb，因此履澳，制約小麥重測(cè)序數(shù)據(jù)分析的一個(gè)很大的問(wèn)...
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生物轉(zhuǎn)生信距贷，流程之外有天地柄冲，分享生信有關(guān)的文獻(xiàn)，技巧等一切與生信有關(guān)的主題忠蝗。
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基因組學(xué)5-利用faSomeRecords根據(jù)基因ID提取基因序列安裝 從該網(wǎng)址下載其安裝腳本：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 我一般都是保存在bin目錄下现横，cd...
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生信軟件的安裝1-SRAtoolkit寫(xiě)在前面 最近服務(wù)器的我最常用的那個(gè)節(jié)點(diǎn)又壞了，那個(gè)環(huán)境我搭建的很好，幾乎所有數(shù)據(jù)和軟件都在那上面戒祠。但是骇两，無(wú)奈之下只能換到另一個(gè)節(jié)點(diǎn)，一切都要從頭再來(lái)姜盈，就包括安裝軟件低千，事已至...
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單個(gè)基因的生物信息學(xué)分析(2)-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)本期的主題仍然屬于《單個(gè)基因的生物信息學(xué)分析》，主要講解介紹一下單個(gè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域分析馏颂。 網(wǎng)站鏈接如下：InterPro 打開(kāi)主頁(yè)面顯示如圖1示血，注意的是，一次只能進(jìn)行一個(gè)蛋白序...
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單個(gè)基因的生物信息學(xué)分析(1)-基因結(jié)構(gòu)與功能分析在生物學(xué)分析中救拉，我們經(jīng)常會(huì)針對(duì)某個(gè)基因進(jìn)行生物學(xué)功能分析难审，比較常見(jiàn)的包括基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，功能注釋?zhuān)鞍踪|(zhì)結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)（跨膜域近上，信號(hào)肽）剔宪，同源基因分析，多序列比對(duì)壹无，亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)葱绒，...
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植物基因組學(xué)-fastp進(jìn)行高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)控對(duì)于各位小伙伴來(lái)說(shuō)，無(wú)論是自己獨(dú)立進(jìn)行高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析斗锭，還是解讀公司的測(cè)序結(jié)果地淀，一個(gè)必須要面對(duì)的情況就是高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制，又稱(chēng)Quality Control岖是。照顧到...
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植物基因組-基因組分析中的“地圖”文件(gff3和gtf文件介紹)常見(jiàn)的生物信息分析中帮毁，基因組的注釋文件和參考基因組具有相同重要的功能，如果說(shuō)參考基因組是一個(gè)蘊(yùn)含著所有資源的寶島豺撑，那么基因組的注釋文件就是航海路線圖烈疚。因此，理解基因組注釋文件...
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植物基因組學(xué)-專(zhuān)屬于小麥的測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)IWGSC今天將為大家介紹小麥的特有的生物學(xué)網(wǎng)站聪轿，該數(shù)據(jù)庫(kù)是由國(guó)際小麥基因組測(cè)序聯(lián)盟(International Wheat Genome Sequencing Consortium,...
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植物基因組學(xué)-小麥基因組數(shù)據(jù)介紹以及獲取小麥?zhǔn)鞘澜缟献钪匾募Z食作物之一爷肝，隨著新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，小麥的基因組學(xué)發(fā)展迅速陆错。本文主要介紹小麥常用的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)以及基因組數(shù)據(jù)庫(kù)下載灯抛，方便為從事小麥研究的同學(xué)提供一...
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有一個(gè)問(wèn)題，如果我時(shí)行分割沒(méi)有空格的一個(gè)字符串音瓷，該怎么辦对嚼？我有一行數(shù)據(jù)是“aaaaaa”，怎么進(jìn)行分割呢
python split() 方法
本文講述的是string.split(s[, sep[, maxsplit]])绳慎，針對(duì)string類(lèi)型的split()函數(shù)纵竖。它主要是切割字符串漠烧，結(jié)果返回由字符串元素組成的一個(gè)...
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生信技能樹(shù)沽甥，生信菜鳥(niǎo)團(tuán)，jimmy
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