qujingtao

在GWAS分析之前陈惰，一般需要對基因型文件進行過濾寞宫，包括：缺失率误澳、MAF浮创、雜合率集侯、雙等位差导、僅SNP等试躏。 運用bcftools進行進行雙等位和僅SNP的過濾； bcftools支...

qujingtao

fdisk最大只支持2T的硬盤设褐，推薦gdisk進行分區(qū) 利用lsblk命令列列出新建的分區(qū) 再利用mkfs.ext4命令對新建的分區(qū)進行格式化 最后將其掛載就可以使用了

qujingtao

可能是github的問題膀跌，你可以將腳本中的內(nèi)容拷貝到文本文檔中使用

通過perl腳本將fasta格式轉(zhuǎn)換為KaKs_Calculator需要的AXT格式

這個perl腳本的作用是將Mega等軟件比對保存的fasta格式的結(jié)果轉(zhuǎn)化為KaKs_Calculator軟件需要的AXT的輸入格式遭商。可以通過下面的地址下載：https://...

qujingtao

1273 4 0

qujingtao

http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat#format1捅伤，這個網(wǎng)站有介紹bed格式劫流，可以用文本文檔直接編輯，或者在Excel中編輯好了拷貝到文本文檔。如果熟悉腳本編程的話祠汇，會更高效仍秤。文本文檔的文件后綴可以改成bed，也可以不用改可很，看你習慣诗力。

利用bedtools提取基因組指定區(qū)域序列

利用bedtools能夠快速批量的提取基因組上指定區(qū)域的序列。 1. Example： 文件說明example_genome.fasta基因組序列我抠；example.bed指定...

qujingtao

11371 3 9

qujingtao

在perl處理fasta文件是苇本，需要每次讀入一個完整的 序列頭+序列，需要利用到 將perl默認的行分隔符切換為">"菜拓。 且從文件中第一次讀取的內(nèi)容為">"號瓣窄，可以在 進行去...

qujingtao

利用bedtools能夠快速批量的提取基因組上指定區(qū)域的序列。 1. Example： 文件說明example_genome.fasta基因組序列尘惧；example.bed指定...

qujingtao

這個perl腳本的作用是將Mega等軟件比對保存的fasta格式的結(jié)果轉(zhuǎn)化為KaKs_Calculator軟件需要的AXT的輸入格式康栈。可以通過下面的地址下載：https://...

qujingtao

example： #!/usr/bin/perl -w use warnings; =pod XXX .... =cut

qujingtao

問題：兩個玉米自交系A和B啥么，先進行雜交，產(chǎn)生的F1與B進行回交贰逾，假設有100對標記用于區(qū)分A和B悬荣。在BC1中，我們利用這100對標記對每個單株進行了分型疙剑。求每個單株的親本片段...

qujingtao

example: ``` #!/usr/bin/perl -w use strict; my $array=<<'EOF' XXX ... EOF print $array;...

qujingtao

用法： 遍歷List中的元素氯迂，存于$_中。返回List中使BLOCK或EXPR為真的元素的子列表言缤。 例如： @return_list1中的元素則為qw(apple)嚼蚀，@lis...

qujingtao

環(huán)境設置（利用anaconda安裝）conda install -c conda-forge requestsconda install -c jiayi_anaconda ...