簡(jiǎn)介 寬數(shù)據(jù)：寬數(shù)據(jù)是比較常用的數(shù)據(jù)收集與儲(chǔ)存樣式，第一行一般是表頭數(shù)據(jù)，表示觀測(cè)項(xiàng)目名字躺涝，如溫度、pH邑闺、風(fēng)速等方库。每一列包含所觀測(cè)到的數(shù)據(jù)吕嘀。 長(zhǎng)數(shù)據(jù)：長(zhǎng)數(shù)據(jù)是分析繪圖中可能會(huì)...
數(shù)據(jù)處理 VCF轉(zhuǎn)為 rrBLUP {-1,0,1} 格式 rrBLUP可識(shí)別的基因型格式為 {-1,0,1} （行頭為marker瑟俭，列為sample）翎卓，因此需要對(duì)基本數(shù)據(jù)...
去回歸是一種去除方差異質(zhì)性的方法畜号，在某類數(shù)據(jù)處理時(shí)偶爾用到，比如估計(jì)基因組選擇育種值時(shí)允瞧。借著文獻(xiàn)Thistlethwaite2019[1]來(lái)學(xué)習(xí)一下DEBV是怎么計(jì)算的简软。 該...
育種值：生物的數(shù)字密碼 嗨痹升，大家好！今天分享的筆記是遺傳育種領(lǐng)域中那神秘莫測(cè)的育種值畦韭。這個(gè)抽象的名詞具體如何理解疼蛾？為什么說(shuō)育種值很重要？具體怎么計(jì)算艺配？有什么用處察郁？ 別擔(dān)心衍慎，我...
今天看到一篇中文的肉牛遺傳評(píng)估的綜述，其對(duì)國(guó)內(nèi)外的肉牛遺傳估計(jì)發(fā)展進(jìn)行介紹皮钠，個(gè)人認(rèn)為總結(jié)比較完善稳捆，故進(jìn)行記錄和轉(zhuǎn)載。 摘要：種公牛的選育是肉牛育種工作的核心麦轰。傳統(tǒng)選育肉用種公...
我的vcf文件里面乔夯，是通過(guò)plink轉(zhuǎn)vcf得到的，所以里面的話款侵，顯示的是0/0末荐，0/1這種的，
GWAS分析結(jié)果的顯著性閾值選擇繪制曼哈頓圖的時(shí)候新锈，需要指定一個(gè)顯著的閾值線常規(guī)的閾值是0.05/n或0.01/n鞠评。n是基因型的標(biāo)記數(shù)量（snp的數(shù)量）。但是因?yàn)榇嬖谶B鎖不平衡壕鹉，很多時(shí)候按照上面的這個(gè)閾值剃幌，...
但是俺的vcf里面不是缺失基因型
GWAS分析結(jié)果的顯著性閾值選擇繪制曼哈頓圖的時(shí)候，需要指定一個(gè)顯著的閾值線常規(guī)的閾值是0.05/n或0.01/n晾浴。n是基因型的標(biāo)記數(shù)量（snp的數(shù)量）负乡。但是因?yàn)榇嬖谶B鎖不平衡，很多時(shí)候按照上面的這個(gè)閾值脊凰，...
我想知道所用的vcf里面具體內(nèi)容是多少抖棘，因?yàn)椋业暮孟駴](méi)有起到檢驗(yàn)的功能狸涌，我懷疑是我的vcf文件有問(wèn)題切省，它提示我?guī)缀?9%的SNP都是缺失基因型
GWAS分析結(jié)果的顯著性閾值選擇繪制曼哈頓圖的時(shí)候，需要指定一個(gè)顯著的閾值線常規(guī)的閾值是0.05/n或0.01/n帕胆。n是基因型的標(biāo)記數(shù)量（snp的數(shù)量）朝捆。但是因?yàn)榇嬖谶B鎖不平衡，很多時(shí)候按照上面的這個(gè)閾值懒豹，...
繪制曼哈頓圖的時(shí)候记餐，需要指定一個(gè)顯著的閾值線常規(guī)的閾值是0.05/n或0.01/n驮樊。n是基因型的標(biāo)記數(shù)量（snp的數(shù)量）。但是因?yàn)榇嬖谶B鎖不平衡，很多時(shí)候按照上面的這個(gè)閾值囚衔，...
我想問(wèn)铝穷，這個(gè)BLUp和blue的算法是不是和混合效應(yīng)回歸模型是一樣的。為啥說(shuō)它是在以前是選育的標(biāo)準(zhǔn)佳魔。這不過(guò)是計(jì)算效應(yīng)值而已曙聂？
多年多點(diǎn)的表型處理表型值處理BLUP和BLUE值當(dāng)有多個(gè)年份和多個(gè)地點(diǎn)的表型值之后，基因型只有一套鞠鲜，這時(shí)如果用來(lái)做GWAS的時(shí)候宁脊，就需要對(duì)表型值進(jìn)行重新計(jì)算。多年多點(diǎn)的表型值用于GWAS分析前贤姆，一般有以下三種方式供預(yù)處理表...
方差分析(ANOVA) 什么是方差分析 模型可以歸納為在解決預(yù)測(cè)問(wèn)題 Q：如何評(píng)價(jià)預(yù)測(cè)結(jié)果的好壞榆苞？A：預(yù)測(cè)和模型越接近越好Q：如何刻畫(huà)”接近“？A：需要定義”距離“霞捡，一般使用...
前段時(shí)間大火的ChatGPT又一次讓深度學(xué)習(xí)和人工智能展示在大眾目光之下碧信，深度學(xué)習(xí)的應(yīng)用也從專業(yè)走向生活赊琳。那么對(duì)于動(dòng)植物育種的研究者來(lái)說(shuō)深度學(xué)習(xí)可以為品種馴化和選育帶來(lái)什么?...
作物遺傳育種需要發(fā)掘?qū)r(nóng)藝性狀有重要貢獻(xiàn)的QTL。某一重要農(nóng)藝性狀往往是由多個(gè)QTL調(diào)控砰碴。對(duì)這些QTL進(jìn)行精細(xì)定位找出對(duì)應(yīng)的基因?qū)ψ魑锏母牧季哂兄匾饬x躏筏。本文對(duì)如何進(jìn)行...
寫(xiě)作之友 基因和基因簇的功能譜 (functional profiles) 的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析及可視化 G Yu, LG Wang, Y Han, QY He. clusterPr...
GO和KEGG富集分析是生物信息分析中常用的一種分析，針對(duì)不同的物種呈枉，大概整理了一下趁尼，我將其分成四類。 1. 人和小鼠等模式生物 最常用的就是clusterprofiler猖辫，...
最近在分析數(shù)據(jù)水稻的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)酥泞，遇到了一系列問(wèn)題，感覺(jué)是之前沒(méi)有踏踏實(shí)實(shí)學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析而留下的隱患全部爆雷了啃憎。也挺好芝囤！這樣才能知道不足。這次是水稻的富集分析荧飞，參考網(wǎng)上的資...
