常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.reibang.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的褂删，儲存受體慢味、配體以及兩種相互作用...
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單細胞分析之細胞交互-4：NicheNet -
CellChat：細胞間相互作用分析利器前言 我們知道撤蚊，細胞間信息傳遞方式一個是細胞表面配受體的相互作用，另一個通過細胞產(chǎn)生的可溶性小分子届腐，即細胞因子。在單細胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時候我們想看某幾種細胞類型之間的相互...
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InferCNV 的 Gene ordering file 輸入文件制作我們都知道鹃两，利用R包infercnv對scRNA-seq數(shù)據(jù)進行CNV推斷時，首個步驟是運行CreateInfercnvObject()函數(shù)構(gòu)建infercnv對象舀凛，此處必須...
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GCT/GCTx數(shù)據(jù)格式+grp俊扳、gmt、gmt數(shù)據(jù)格式以及讀取/儲存cmap的大部分轉(zhuǎn)錄相關(guān)數(shù)據(jù)都是保存為GCT/GCTx格式的猛遍，后者是前者的二進制版本馋记。本篇將了解，學習具體格式內(nèi)容懊烤，以及讀取方法 1梯醒、GCT 格式 GCT (Gene Clu...
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bioconductor入門第二彈--GRanges概述太長不看系列 IRanges提供最簡單的注釋信息，起點腌紧，終點以及寬度（終點位置-起點位置） Granges和IRanges類似茸习，但是具有染色體編號和正負鏈信息 廢話超多系列 ...
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R | ggpairs -- 可視化相關(guān)性最近想要可視化樣本間的相關(guān)性号胚，但又不滿足于常規(guī)的相關(guān)性熱圖。因此浸遗，就注意到GGally包中的ggpairs函數(shù)猫胁，可以方便地實現(xiàn)多方面的相關(guān)性可視化。 本文僅介紹ggpairs...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) —— 干性指數(shù)（mRNAsi驾茴、mDNAsi）
前言 干細胞(stem cells, SC)是人體內(nèi)具有自我復制和多向分化潛能的原始細胞，而這種自我更新和分化為成熟細胞的能力稱為干性 腫瘤干細胞 (cancer stem ...
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GISTIC2.0安裝與使用（2019）在一年前剛開始認識GISTIC這個軟件的時候氢卡，我寫過一篇文檔記錄安裝過程锈至。 Google搜索的第1個中文信息就是（2018年，現(xiàn)在不是译秦，文章現(xiàn)在已經(jīng)有過千次的引用啦~）峡捡。 實...
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Seurat對象击碗、SingleCellExperiment對象和scanpy對象的轉(zhuǎn)化Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/conversion_vignette.html[https://satijal...
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R語言for循環(huán)01-批量完成相關(guān)系數(shù)計算
在數(shù)據(jù)分析過程中，尤其是在做基因篩選時们拙，常會應(yīng)用到批量篩選稍途，這也是應(yīng)用R語言分析數(shù)據(jù)的優(yōu)勢之一。在這一點上往往在線工具不能提供這樣的功能砚婆。 我們來構(gòu)建一個虛擬數(shù)據(jù)械拍，來完成基因...
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【5】蛋白質(zhì)組學鑒定定量軟件之PD[toc] 1.簡介 PD全稱Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商業(yè)Windows軟件装盯，沒錯坷虑，收費，還不菲埂奈。而且主要也是針對...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組之Scanpy - 樣本整合分析處理單細胞不可避免的一個問題就是樣本整合問題迄损。那如何將不同器官，不同測序平臺账磺，不同物種之間的單細胞數(shù)據(jù)進行整合分析呢芹敌？Scanpy使用python語言構(gòu)建了一套完整的單細胞分...
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Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnDataAnnData是python中存儲單細胞數(shù)據(jù)的一種格式 1. AnnData數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)： 主要包含四個slots：X contains the expression matri...
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單細胞轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)分析之ScanpyScanpy 是一個基于 Python 分析單細胞數(shù)據(jù)的軟件包，內(nèi)容包括預處理垮抗，可視化氏捞，聚類，擬時序分析和差異表達分析等冒版。https://genomebiology.biom...
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WGCNA分析幌衣，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔壤玫。第一全的還在路上，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上哼凯，歡迎點擊鏈接了解更多欲间。 WGC...
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R語言分析4：一致性聚類分析（ConsensusClusterPlus）一致性聚類是一種提供定量證據(jù)的方法，用以確定數(shù)據(jù)集中可能的聚類的成員及數(shù)量断部，例如微陣列基因表達猎贴。這種方法在癌癥基因組學中得到了廣泛應(yīng)用，以發(fā)現(xiàn)了新的疾病分子亞類蝴光。一致性聚類方...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選她渴，多因素cox建模，時間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
