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  • GWAS 學(xué)習(xí)之a(chǎn)dmixture

    背景 群體遺傳學(xué)中測出很多個個體搂妻,得到了最終的SNP vcf文件,需要將其分成群體,看哪幾個物種聚在一起。一般使用的軟件就是STRUCTURE,但是STREUTURE運行速度...

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    使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖

    安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式: 前三列分別為SNP的名稱蛙埂,所在染色體倦畅,SNP的位置,后面每列為不同性狀的P值绣的,每個性狀單獨一列 默...

  • 群體遺傳學(xué)習(xí)專題 一

    群體遺傳學(xué)習(xí)專題 一之基礎(chǔ)知識整理 群體遺傳學(xué)研究對象是生物群體屡江,這里的群體是指孟德爾氏群體芭概。它是由同一物種組成的較大的有性繁殖群體。群體內(nèi)的個體間是隨機(jī)交配的惩嘉,遵循孟德爾遺...

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    群體結(jié)構(gòu)分析軟件Structure了解和使用

    一惹苗、簡介 Structure 是一個利用遺傳標(biāo)記推斷群體遺傳結(jié)構(gòu)的軟件。其功能包括推斷群體數(shù)目耸峭,判斷某個個體屬于哪個群體桩蓉,鑒別遷移個體及雜合體等。舉個例子 上圖中顏色的種類即...

  • 群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)知識

    轉(zhuǎn)載自:http://www.reibang.com/p/7d4e4948b623 群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)知識 群體(Polulation):是指生活在一定空間范圍內(nèi)抓艳,能夠相互交配...

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    群體遺傳學(xué)-選擇清除分析

    一触机、中性學(xué)說 分子水平上帚戳,生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的玷或,而是由中性/近中性的突變等位基因經(jīng)過遺傳漂變引起的,從而形成分子水平上的進(jìn)化性變化或種內(nèi)變異片任。分子演化的...

  • Tajima's D 中性檢測的指標(biāo)

    Tajima's D - Wikipedia[https://en.wikipedia.org/wiki/Tajima%27s_D] Tajima's D是由日本研究員田田文...

  • 基因家族分析全套軟件

    基因家族生物信息學(xué)分析 (1)基因家族分析概述 旁系同源基因 基因家族可通過基因復(fù)制進(jìn)行物種特異性擴(kuò)增执桌,主要有染色體片段復(fù)制、串聯(lián)復(fù)制和反轉(zhuǎn)錄子轉(zhuǎn)座等三種形式芜赌,可能導(dǎo)致功能丟...

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