今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡(jiǎn)單流程蜻拨，適用于初學(xué)者入門閱讀，從原始測(cè)序數(shù)據(jù)開始躯保，經(jīng)過質(zhì)控、序列比對(duì)澎语、定量表達(dá)途事、差異表達(dá)验懊、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達(dá)信息尸变。...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
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基因家族分析保姆級(jí)教程（分子進(jìn)化）-生信小白自學(xué)之路（一）一义图、基因家族基礎(chǔ)知識(shí)與研究思路介紹 1.基因家族簡(jiǎn)介 基因是染色體上一段可以發(fā)生轉(zhuǎn)錄的區(qū)域（內(nèi)含子外顯子啟動(dòng)子）。轉(zhuǎn)錄本才是基因的研究實(shí)體召烂，轉(zhuǎn)錄本transcript（別名 ...
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連鎖不平衡分?jǐn)?shù)回歸 LD score regression -LDSC
什么是LD score? SNP j的LD score可以被定義為該SNP與一定范圍內(nèi)其他SNP的r2之和碱工。 LD score 衡量了該SNP標(biāo)記的遺傳變異性的大小。 為什么...
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析
群體遺傳學(xué)中測(cè)的很多個(gè)個(gè)體奏夫，得到了最終的SNP vcf文件怕篷，需要將其分成群體，看那幾個(gè)物種聚在一起酗昼，一般使用的軟件就是STRUCTURE廊谓， 但是STREUTURE運(yùn)行速度極慢...
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Haploview軟件使用-連鎖不平衡分析
當(dāng)位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時(shí)出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機(jī)分布的兩個(gè)等位基因同時(shí)出現(xiàn)的概率時(shí)，就稱這兩個(gè)座位處于連鎖不平衡的狀態(tài)麻削。目前蒸痹，連鎖不平衡分析...
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10.GWAS：LD decay(LD衰減）—— PopLDdecay關(guān)于連鎖不平衡的詳細(xì)介紹在之前的帖子里有說過，這里就不再贅述碟婆，本篇主要介紹LD decay的計(jì)算电抚。1.GWAS：原理與目的 - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https:...
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GATK4 SelectVariants ——vcf文件提取SNP和indel
在生成raw vcf后，進(jìn)行SNP和indel提取竖共，便于后續(xù)分析。GATK4——gVCF轉(zhuǎn)VCF - 簡(jiǎn)書 (jianshu.com)[https://www.jianshu...
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GATK-4.2.1.0的下載安裝和conda的使用
1.下載最新安裝包 2021.08.06對(duì)應(yīng)的最新版本的是4.2.1.0俺祠，下載網(wǎng)址：https://github.com/broadinstitute/gatk/releas...
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vcftools安裝及基礎(chǔ)用法
vcftools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過濾的工具公给，功能非常強(qiáng)大，而且運(yùn)算速度也很快蜘渣。 1.下載及安裝 1.1 下載地址 http://vcftool...
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GWAS理論 1-2 表型考察處理與標(biāo)記開發(fā)和分型一蔫缸、表型鑒定與記錄的基本原則和原始數(shù)據(jù)處理 基因型分型基因型分型（英語：genotyping）是一個(gè)通過生物檢定法檢測(cè)某一個(gè)體的DNA序列腿准，并對(duì)比參照其他個(gè)體的基因型或序列的...
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【GWAS】GAPIT使用教程
GAPIT（genome association and prediction integrated tool）華盛頓大學(xué)等于 2012 年開發(fā)的軟件（軟件主頁：http:/...
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跑通GWAS，用這些腳本就夠了最近跑通了一遍GWAS分析拾碌，全程在linux操作吐葱，雖然具體還有好多需要微調(diào)的地方，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準(zhǔn)備 1.理論知識(shí) 強(qiáng)烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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minimap2參數(shù)詳解
minimap2是我們?cè)诨蚪M分析過程常用的一種工具校翔，但是它的參數(shù)很多很復(fù)雜弟跑，現(xiàn)在我將各項(xiàng)參數(shù)的內(nèi)容和用法進(jìn)行解析。 實(shí)例(polish 第一步)
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GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析工具GAPIT最新版的安裝教程與報(bào)錯(cuò)解決方案GWAS工具GAPIT最新版 本篇筆記主要內(nèi)容是GWAS分析軟件GAPIT最新版的安裝和使用教程防症，包括常見的報(bào)錯(cuò)以及解決方案孟辑，主要出錯(cuò)位置在LDheatmap哎甲、stringi...
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GWAS分析（R包GAPIT）之一（相關(guān)包的安裝）
1.1 Linux下指定R包的安裝路徑 export R_LIBS_USER = /your/path/source ~/.bashrc 1.2 安裝相關(guān)包 利用 BiocM...
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ggpubr、nloptr包安裝失敗的解決方案——升級(jí)cmake至3版本
問題 在服務(wù)器的R中安裝ggpubr包失敗饲嗽，查看報(bào)錯(cuò)日志發(fā)現(xiàn)炭玫，依賴的nloptr包安裝失敗。但單獨(dú)安裝nloptr仍然失敗貌虾。 解決過程 1. 在服務(wù)器上安裝nlopt（注意不...
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R語言安裝包時(shí)遇到的坑
寫在前面 安裝R包報(bào)錯(cuò)的問題從一開始學(xué)生信就一直存在著吞加，但是沒有專門整理一下，前兩天安裝 CHIPseeker 的時(shí)候?qū)嵲谑懿涣肆嗽途澹驗(yàn)榕鲆娏撕枚嗫恿穸Γ谑窃谶@里專門整理一下，...
