論文 Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specif...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：河北
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跟著Nature Metabolism學(xué)作圖:R語(yǔ)言ggplot2水平堆積柱形圖并添加同組連線(xiàn) -
跟著Nature Metabolism學(xué)作圖:R語(yǔ)言ggplot2一次性展示很多個(gè)餅圖論文 Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specif...
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ggplot2繪制多年份配對(duì)表格圖歡迎關(guān)注R語(yǔ)言數(shù)據(jù)分析指南 本節(jié)來(lái)介紹如何使用ggplot2對(duì)表格之間進(jìn)行數(shù)據(jù)的配對(duì)連線(xiàn)蛉艾，發(fā)現(xiàn)有一款R包「bstfun」可以將gt繪制的表格轉(zhuǎn)化為ggplot格式，通過(guò)其來(lái)繪...
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Sum of Single Effects Linear Regression (susieR)：多個(gè)因果變異位點(diǎn)的鑒定
使用susieR鑒定多個(gè)因果變異位點(diǎn)只需要兩個(gè)輸入文件，一個(gè)輸入文件是包含Zscore值的SNP位點(diǎn)（zscore.txt），另一個(gè)文件是LD matrix（LD.matri...
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R包table1創(chuàng)建網(wǎng)頁(yè)格式的描述性統(tǒng)計(jì)表Table 1
介紹 例1 例2 使用縮寫(xiě)代碼指定自定義renderer 顯示不同變量的不同統(tǒng)計(jì)信息 改變表的外觀 - 使用內(nèi)置的樣式 p-values列 表格的轉(zhuǎn)置 介紹 在流行病學(xué)和其相...
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【R語(yǔ)言】clusterProfiler富集分析，物種注釋數(shù)據(jù)庫(kù)相信大家對(duì)Y叔的clusterprofiler這個(gè)R包并不陌生趾疚，一般做基因富集分析的時(shí)候都會(huì)用到這個(gè)R包缨历。這個(gè)包非常實(shí)用，并且畫(huà)出來(lái)的圖也很不錯(cuò)糙麦。 其實(shí)小編前面已經(jīng)花了不少篇...
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R語(yǔ)言ggplot2給PCA散點(diǎn)圖結(jié)果上添加水平和垂直誤差線(xiàn)公眾號(hào)后臺(tái)有讀者留言問(wèn)這個(gè)圖的實(shí)現(xiàn)辦法，這個(gè)圖相比于普通的PCA散點(diǎn)圖是多了一個(gè)垂直和水平的誤差線(xiàn)赡磅，這個(gè)如何實(shí)現(xiàn)之前還沒(méi)有嘗試過(guò)魄缚，所以查了查資料，找到了一個(gè)參考鏈接 http...
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富集分析結(jié)果雷達(dá)圖單細(xì)胞繪圖系列： Seurat繪圖函數(shù)總結(jié)[http://www.reibang.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2優(yōu)化Seurat繪圖[https...
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計(jì)算SNPs間的連鎖不平衡（LD焚廊，linkage disequilibrium）基本概念 連鎖不平衡（LD冶匹，linkage disequilibrium）是指 不同基因座（loci）的等位基因（allele）之間非隨機(jī)（nonrandom）的關(guān)聯(lián)。 兩個(gè)...
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跟著Nature microbiology學(xué)畫(huà)圖:R語(yǔ)言pheatmap包畫(huà)熱圖展示密碼子RSCU值論文 Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVI...
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【R基礎(chǔ)】R腳本解析命令行參數(shù)
1.命令行方式運(yùn)行R腳本 (主要)命令行中指定解析器 $ Rscript test.R 命令行中省略解析器$ ./test.R,需在腳本中指定解析器咆瘟，并基于可執(zhí)行權(quán)限 #...
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bed文件轉(zhuǎn)成等bin的bedgraph格式目的： 當(dāng)你想可視化你所研究的數(shù)據(jù)在染色體上分布嚼隘，可能會(huì)用到RIdeogram來(lái)畫(huà)類(lèi)似的圖。如何整理成要求的輸入文件格式呢袒餐？ 標(biāo)準(zhǔn)輸入文件： 一定長(zhǎng)度為bins 的count...
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R語(yǔ)言-05數(shù)據(jù)框創(chuàng)建飞蛹，以及按條件取數(shù)據(jù)框數(shù)據(jù)
創(chuàng)建數(shù)據(jù)框 數(shù)據(jù)框是R語(yǔ)言的一種基礎(chǔ)數(shù)據(jù)格式，通常excel等表格形式數(shù)據(jù)讀入后都是數(shù)據(jù)框格式灸眼。 下例創(chuàng)建了一個(gè)3列5行的數(shù)據(jù)框卧檐，列的名字分別是site、season幢炸、pH ...
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6. GWAS：主成分分析——GCTA利用協(xié)方差矩陣泄隔，特征值和特征向量將高緯變量投影到數(shù)個(gè)低維變量的過(guò)程； PCA分析的過(guò)程就是從千萬(wàn)級(jí)別的SNP位點(diǎn)中提取關(guān)鍵信息宛徊，以便使用更少的變量就可以對(duì)樣本進(jìn)行有效的刻畫(huà)和...
