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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十五篇：細(xì)胞組成分析15.1 前言 除了基因表達(dá)模式的變化之外荡澎，細(xì)胞組成（例如細(xì)胞類型的比例）也會在不同條件下發(fā)生變化搏恤。例如蒂萎，特定藥物可以誘導(dǎo)細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)分化葡缰，這將反映在細(xì)胞身份組合物中遏插。需要足...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十四篇：差異基因表達(dá)分析14.1 前言 本篇是細(xì)胞注釋章節(jié)的更詳細(xì)的延續(xù)验残，該章節(jié)已經(jīng)介紹了差異基因表達(dá)（DGE）作為用細(xì)胞類型注釋簇的工具捞附。在這里，我們重點關(guān)注更復(fù)雜的實驗設(shè)計中差異基因表達(dá)測試的更...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十二篇：RNA velocity12.1 前言 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集允許以高分辨率研究生物過程，例如早期發(fā)育鸟召。例如胆绊，雖然分析的是單個細(xì)胞而不是整個組織，但細(xì)胞表型的變化無法隨著時間的推移進(jìn)行跟蹤欧募。這一事實源于單細(xì)胞...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十一篇：擬時序分析11.1 前言 單細(xì)胞測序分析提供生物組織的高分辨率測量压状。因此，此類技術(shù)可以幫助破譯和理解細(xì)胞異質(zhì)性和生物過程的動態(tài)跟继。相應(yīng)的研究包括量化細(xì)胞命運以及識別驅(qū)動該過程的基因种冬。然而...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十篇：數(shù)據(jù)整合（二）10.7 基于圖的整合模型Graph-based integration 我們要介紹的下一個方法是BBKNNBatch-Balanced k-Nearest Neighbor...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第十篇：數(shù)據(jù)整合（一）10. 數(shù)據(jù)整合 10.1 總論 大多數(shù)scRNA-seq數(shù)據(jù)分析的一個核心挑戰(zhàn)是批次效應(yīng)。批次效應(yīng)是測量的表達(dá)水平的變化舔糖，這是處理不同組或“批次”中的細(xì)胞的結(jié)果娱两。例如，如果...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第九篇：細(xì)胞自動注釋9.4 自動注釋 9.4.1 總論 這一篇討論的方法將是自動化的方法金吗，而不是手動注釋數(shù)據(jù)十兢。與上一篇展示的方法不同，這些方法中的每一種都可以使您以自動化的方式對數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋摇庙。它...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第九篇：細(xì)胞手動注釋9. 細(xì)胞注釋Annotation 為了更好地理解數(shù)據(jù)并利用現(xiàn)有知識旱物，弄清楚數(shù)據(jù)中每個細(xì)胞的“細(xì)胞身份”非常重要。根據(jù)已知（或有時未知）的細(xì)胞表型標(biāo)記數(shù)據(jù)中的細(xì)胞群的過程稱為...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第八篇：聚類8. 聚類Clustering 預(yù)處理和可視化使我們能夠描述我們的scRNA-seq數(shù)據(jù)集并降低其維度卫袒。到目前為止宵呛，我們嵌入并可視化了細(xì)胞以了解數(shù)據(jù)集的基礎(chǔ)屬性。然而夕凝，它們的...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第七篇：降維7. 降維Dimensionality Reduction 如前所述烤蜕，scRNA-seq是一種高通量測序技術(shù)，可生成高維度細(xì)胞和基因數(shù)量的數(shù)據(jù)集迹冤。并非所有基因都具有信息性讽营，并...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第六篇：特征選擇6. 特征選擇Feature selection 6.1 前言 我們現(xiàn)在有了標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)表示，它仍然保留了生物異質(zhì)性泡徙，但減少了基因表達(dá)中的技術(shù)采樣效應(yīng)橱鹏。單細(xì)胞RNA-seq數(shù)...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第五篇：歸一化5. 歸一化Normalization 5.1 前言 到目前為止，我們從數(shù)據(jù)集中刪除了低質(zhì)量細(xì)胞堪藐、環(huán)境RNA污染和雙聯(lián)體莉兰，并且數(shù)據(jù)以“細(xì)胞 x 基因”數(shù)字矩陣的形式呈現(xiàn)，作為...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第四篇：質(zhì)控4. 質(zhì)控Quality Control 4.1 前言 選擇適合數(shù)據(jù)且不會過度校正或消除生物效應(yīng)的預(yù)處理方法至關(guān)重要礁竞。由于新的測序技術(shù)以及捕獲的細(xì)胞糖荒、測量的基因和識別的細(xì)胞群...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第三篇：分析框架和工具3. 分析框架和工具介紹 3.1 單細(xì)胞分析框架和強大系統(tǒng) 如前所述，獲得計數(shù)矩陣后模捂，探索性數(shù)據(jù)分析階段開始捶朵。由于數(shù)據(jù)的大小和復(fù)雜性蜘矢，需要專門的工具。雖然在單細(xì)胞分析的早期综看，...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第二篇：原始數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)生信代碼的朋友可以直接跳轉(zhuǎn)到下面2.7 實戰(zhàn)案例品腹，有完整和詳盡的代碼和分析流程。 2. 原始數(shù)據(jù)處理 在本篇中红碑，我們將介紹單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)數(shù)據(jù)的“預(yù)...
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單細(xì)胞RNA-seq生信分析全流程——第一篇：基礎(chǔ)知識
最近準(zhǔn)備把單細(xì)胞RNA-seq生信分析的全部流程都完整詳細(xì)的介紹一邊舞吭，會很基礎(chǔ)全面，所以內(nèi)容很多析珊，會拆分成很多期羡鸥，目標(biāo)是讓不同學(xué)科背景的同學(xué)，看這一份寶典忠寻，就能真的完全學(xué)會單...