發(fā)簡(jiǎn)信
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知乎@黃小偉Yeah｜專欄：中國(guó)R語(yǔ)言社區(qū)<br>公眾號(hào)：表哥有話講迂曲、R語(yǔ)言中文社區(qū)
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
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R包table1創(chuàng)建網(wǎng)頁(yè)格式的描述性統(tǒng)計(jì)表Table 1
介紹 例1 例2 使用縮寫代碼指定自定義renderer 顯示不同變量的不同統(tǒng)計(jì)信息 改變表的外觀 - 使用內(nèi)置的樣式 p-values列 表格的轉(zhuǎn)置 介紹 在流行病學(xué)和其相...
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PlantCV 中文教程（2）
安裝配置 最低配置需求： PlantCV 在以下系統(tǒng)已測(cè)試: Linux: CentOS 7 (RedHat Enterprise Linux) Linux: Ubuntu ...
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公眾號(hào)：青檸學(xué)術(shù)。分享優(yōu)質(zhì)的科研技巧窃页、效率工具跺株。
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周運(yùn)來(lái)，男袖扛，長(zhǎng)大了才會(huì)遇到的帥哥砸泛，穩(wěn)健，瀟灑蛆封，大方唇礁，靠譜。一段生信緣惨篱，一棵技能樹盏筐。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人砸讳，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者琢融，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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enrichplot||基因富集結(jié)果可視化解決方案enrichplot包實(shí)現(xiàn)了幾種可視化方法來(lái)幫助解釋富集結(jié)果绣夺。它支持從DOSE (Yu et al. 2015)吏奸、clusterProfiler (Yu et al. 201...
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公眾號(hào)：“生信補(bǔ)給站”<br>生物信息學(xué) R語(yǔ)言 Python語(yǔ)言
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ggstatsplot繪圖|統(tǒng)計(jì)+可視化奋蔚，學(xué)術(shù)科研神器
本文首發(fā)于“生信補(bǔ)給站”公眾號(hào)，https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw更多關(guān)于R語(yǔ)言烈钞，ggplot2繪圖泊碑，生信分析...
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不做無(wú)條件咨詢馒过，見(jiàn)諒
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[R] 如何快速生成許多差異明顯的顏色？這個(gè)需求真的太常見(jiàn)了酗钞！注意問(wèn)題強(qiáng)調(diào)的幾個(gè)關(guān)鍵詞：一是快速腹忽，二是大量，三是差異明顯砚作。在生成大量元素比較圖時(shí)要明顯區(qū)分不同樣本窘奏，比如宏基因組中的物種分析： 方法一：自定義 自定義...
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一些生物信息學(xué)用到的軟件着裹，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測(cè)序組裝使用的Spades米同、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast骇扇、bowtie摔竿、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW少孝、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools继低、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree稍走、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL郁季、OrthoFinder等 ?? 尋找測(cè)序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o钱磅、QIMME ?? 測(cè)序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO似枕、QUAST ?? 可視化工具比如IGV盖淡、3D Genome ?? 測(cè)序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
