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批量下載TCGA所有數(shù)據(jù)這是UCSC xena 頁面 https://xenabrowser.net/datapages/[https://xenabrowser....
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多種方法實現(xiàn)基因ID SYMBOL 與 ENTREZID轉(zhuǎn)換方法一 ID轉(zhuǎn)換瞳氓，ENTREZID是進行GO分析最好的ID類型（針對clusterProfiler）ID轉(zhuǎn)換用到的是bitr()函數(shù)屑咳，但我的SY...
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featureCounts 得到的counts計算 cpm、 tpm、FPKM
一梧田、從上游輸出文件結(jié)果中獲取基因有效長度 一般而言萌业，RNA-seq得到原始counts表達矩陣最常用到的上游軟件就是featureCounts和...
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Dapars2 分析可變多聚腺苷酸化（APA 3’UTR）與腫瘤
越來越懶了，不想寫記錄呀乡范！算了配名，強迫自己一把！ 水平有限晋辆，若有錯誤渠脉，懇請指出！ 信使RNA ( messenger RNA, mRNA)加工過程...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實戰(zhàn)（綜述）一篇RNA-seq分析流程的綜述瓶佳，全面而詳細芋膘！深度好文，可用來反復(fù)閱讀霸饲。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個流程選擇上的差異为朋。已經(jīng)開始學(xué)習...
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RNA sequencing: the teenage years（中篇）
前言 這一部分主要涉及常規(guī)RNA-seq的數(shù)據(jù)分析，提到了常見的數(shù)據(jù)分析流程厚脉。 RNA-seq數(shù)據(jù)分析 用于分析測序讀長以確定差異表達的計算方法...
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RNA sequencing: the teenage years（下篇）
前言 這一部分的內(nèi)容主要涉及單細胞測序习寸，空間轉(zhuǎn)錄組，新生RNA測序傻工，翻譯組霞溪，RNA-RNA之間相互作用，RNA-蛋白質(zhì)相互作用以及未來展望中捆。 常...
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RNA sequencing: the teenage years（上篇）
《RNA sequencing: the teenage years》這篇綜述翻譯了一下鸯匹，全篇漢字大約是3萬字，比較長泄伪，為了方便閱讀殴蓬，把它拆成3...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組名詞解釋基礎(chǔ)
2019年7月24日，Nature Reviews Genetics上發(fā)表了一篇了RNA-seq的綜述臂容，文獻信息如下所示： Stark, R.,...