影響因子：12.4 研究概述：肝癌是全球第三大致癌死亡的原因，也是第六大常見的腫瘤類型攒至。其中厚者，肝細(xì)胞癌（HCC）為最常見的肝癌類型，其次為肝內(nèi)膽管癌（ICC）迫吐，這兩種類型合計...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
最新12+單細(xì)胞生信，探索DAB2+ Macro與FAP+ CAFs關(guān)系严望，高端生信值得模仿！ -
最新15分泛癌腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞圖譜库菲，圖譜構(gòu)建需要太多背景知識，值得收藏志膀！影響因子：13 研究概述：癌細(xì)胞內(nèi)在因素與腫瘤微環(huán)境（TME）之間的復(fù)雜相互作用決定了癌癥的預(yù)后熙宇、進展和治療效果。腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞（TAMs）是這一環(huán)境中高度多樣化且復(fù)制的組...
-
最新15分泛癌腫瘤NK細(xì)胞圖譜溉浙，NK細(xì)胞亞群鑒定參考依據(jù)烫止。圖譜構(gòu)建需要太多背景知識，值得收藏戳稽！影響因子：27.7 研究概述：NK細(xì)胞是固有免疫淋巴細(xì)胞馆蠕，能直接殺死病毒感染的細(xì)胞，并調(diào)控適應(yīng)性免疫反應(yīng)的早期階段，在免疫反應(yīng)中發(fā)揮重要作用互躬。NK細(xì)胞通常分為兩類：CD56b...
-
空間轉(zhuǎn)錄組分析---SPOTlight（1.0.1版本）空間轉(zhuǎn)錄組+單細(xì)胞聯(lián)合分析---（SPOTlight最新版教程） 作者在2022年更新了SPOTlight腳本代碼播赁，或許有伙伴在運行以往的版本教程（https://marce...
-
空間轉(zhuǎn)錄組2022||空間數(shù)據(jù)反卷積RCTD分析：full mode on Visium hippocampus參考教程鏈接： https://github.com/dmcable/spacexr[https://github.com/dmcable/spacexr] 官方教程： ht...
-
【生信實戰(zhàn)】空間轉(zhuǎn)錄組反卷積——帶你了解Spot里究竟都有點啥細(xì)胞隨著空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的普及，越來越多的課題開始使用這一技術(shù)吼渡。當(dāng)前容为，以10X Visium為代表的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)是目前最常見的技術(shù)。然而寺酪，10X Visium由于技術(shù)本身的局限性...
-
文獻速遞||cell2location軟件聯(lián)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進行空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞映射同名gzh：BBio //前言 對空間轉(zhuǎn)錄組的組織駐留細(xì)胞類型的復(fù)雜映射仍然是一個挑戰(zhàn)。原因之一是器官間細(xì)胞的巨大多樣性南片，包括無數(shù)細(xì)粒細(xì)胞類型，如免疫細(xì)胞向胡、免疫細(xì)胞窒典、基質(zhì)細(xì)胞...
-
【生信實戰(zhàn)】scRNA單細(xì)胞/ST空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞注釋完全指導(dǎo)手冊隨著單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)展和普及，越來越多的課題組開始使用單細(xì)胞技術(shù)進行自己的課題研究阿趁。然而膜蛔，在單細(xì)胞的注釋上，商業(yè)公司提供的流程化注釋往往難以滿足實際的需求脖阵，甚至得到牛頭不對馬嘴...
-
空間轉(zhuǎn)錄組第九講：利用SingleR進行細(xì)胞類型注釋
前面我們說過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)不是真正的單細(xì)胞水平皂股，每個spot會捕獲5-10個細(xì)胞，這樣每個spot里實際上可能存在幾種不同類型的細(xì)胞命黔。但是對于大部分組織細(xì)胞來說同一區(qū)域周圍更...
-
Seurat官方教程3：使用Seurat分析呜呐、可視化和集成空間數(shù)據(jù)集思考：來自運來大佬的筆記(現(xiàn)在走的路都是大佬為我們鋪好的路，要學(xué)會珍惜悍募！) 如何將空間數(shù)據(jù)與表達數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)在一起蘑辑？ 有了空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，如何與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)用坠宴？ 做了多層切...
-
10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間注釋（解卷積洋魂，STdeconvolve）hello，大家好喜鼓，今天我們來分享一個新的空間注釋的方法副砍，當(dāng)然主要思想還是解卷積，關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的注釋方法庄岖，我已經(jīng)分享了很多了豁翎，在這里列舉出來，供大家參考隅忿。 MIA用于單細(xì)胞...
-
10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之思路總結(jié)（針對腫瘤樣本）hello谨垃，大家好启搂，今天我們來分享一下有關(guān)空間轉(zhuǎn)錄組研究腫瘤樣本切片的一些思路，主要的參考文獻是Comprehensive Analysis of Spatial Archi...
-
空間轉(zhuǎn)錄組---seurat空間轉(zhuǎn)錄組是2022生命科學(xué)十大創(chuàng)新產(chǎn)品名單刘陶，因此將來會在生物學(xué)領(lǐng)域有非常大的應(yīng)用空間胳赌，目前植物類的相關(guān)文章較少，我也是在慢慢的學(xué)習(xí)中匙隔。我們測試數(shù)據(jù)選取蘭花的空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)：Spa...
-
【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（六）新版Seurat v3.2分析Visium空間轉(zhuǎn)錄組結(jié)果的代碼實操舊號無故被封疑苫，小號再發(fā)一次 更多空間轉(zhuǎn)錄組文章： 1. 新版10X Visium 【10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新于20191...
-
-
生信工具大全（下方有其他比較有用的網(wǎng)站）
大家有其他相關(guān)網(wǎng)站推薦捍掺，請下方留言，我會補充到文中再膳。 | -- | -- | -- |-- |-- | 論文書籍等下載 SCI-HUB[https://sci-hub...
-
10X單細(xì)胞挺勿、單核、空間轉(zhuǎn)錄組揭示腫瘤-微環(huán)境的空間結(jié)構(gòu)與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)hello喂柒，大家好不瓶，今天我們繼續(xù)來分享關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組在腫瘤方面的研究，其實也和大家分享過很多次了灾杰，強調(diào)腫瘤正常邊界的重要醫(yī)學(xué)意義蚊丐，而如果實現(xiàn)這個，就必須借助空間轉(zhuǎn)錄組技...
-
B細(xì)胞亞型及其Marker
B Cell TypeMarkerCellular localizationB cell (all except plasma cell)IgM, CD19SecretedA...
-
【單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組】人類B細(xì)胞亞群分析Marker基因匯總由于基因表達跟細(xì)胞表面蛋白的表達具有時間差艳吠，所以要根據(jù)經(jīng)驗具體情況具體分析麦备，內(nèi)容僅供參考 ??哺乳類動物B細(xì)胞的分化過程主要可分為前B細(xì)胞、不成熟B細(xì)胞昭娩、 成熟B細(xì)胞凛篙、活化B...
