htseq-count計數(shù)的相關(guān)內(nèi)容前面在不同的學(xué)習(xí)階段寫過兩次缤底，分別是合并htseq-count的結(jié)果得到count matrix和htseq-count的一個坑儿咱，其中第二...
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mRNA-seq學(xué)習(xí)（三）：htseq-count計數(shù) -
【生信】格式轉(zhuǎn)換：轉(zhuǎn)成bed及bed12格式
基因組注釋gtf文件或bed6文件轉(zhuǎn)bed12文件 上一篇詳細介紹了bed格式袭艺，尤其清楚的解釋了bed格式中的最后三列灾馒，這三列對于理解bed12格式轉(zhuǎn)換至關(guān)重要梁只。 本文主要介...
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Stringtie的使用說明
參考文獻：stringtie enables improved reconstruction of a transcriptome from rNA-seq reads幫助文...
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這可能是我見過的最全的R需要學(xué)習(xí)的推送了英染。
https://paulvanderlaken.com/2017/08/10/r-resources-cheatsheets-tutorials-books/
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第一次使用R爬取自己所需要的數(shù)據(jù)打開網(wǎng)站 http://rice.hzau.edu.cn/rice/clone/list.php?page=1&searchword= 1、找規(guī)律—— page1的鏈接是這樣...
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一個經(jīng)常會有些小腳本操作代碼的網(wǎng)站-ecseq之腳本收集http://www.ecseq.com/support/ 干貨很多被饿，收了不看系列就不好了 1四康、Convert BAM to BED file format using co...
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remedy：讓你的 Rstudio 更好的進行 Markdown 寫作哈哈闪金，這當然也是 twitter 看到 ，我就是搬運工论颅，這么棒的功能不能自己獨享哎垦。 https://twitter.com/dataandme/status/11616844...
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關(guān)于 dplyr 1.0.0 出來后我想分享的一些東西于 2020-05-29 那天，期盼已久的 dplyr 1.0.0 終于出來了（emm恃疯，鴿了半個月）漏设。 dplyr 在出 1.0.0 版本之前不久，于 hadely 在 tw...
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Gitbook教程（小白入坑gitbook全過程）
# 前言 最近想找一個記筆記的軟件今妄，試了幾款都覺得差點意思郑口，后來看到別人用gitbook寫的筆記就想試試，接觸以后發(fā)現(xiàn)很多大佬講的其實不適合我這種啥都不懂的人盾鳞，于是我就想自己...
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【ComplexHeatmap包學(xué)習(xí)筆記】2.5 Seriation從學(xué)習(xí)用OncoPrint畫基因組突變的“瀑布圖”犬性，發(fā)現(xiàn)顧博士創(chuàng)造的ComplexHeatmap是非常強大的一個包。 顧博士在他的GitHub上展示了這個強大的包在分析基因組...
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關(guān)鍵基因和hub基因（生物網(wǎng)絡(luò)角度）寫在前面 這篇文章仍然來自幾篇文章及自己平時的積累腾仅，主要闡述關(guān)鍵基因和hub基因乒裆。很多人誤以為hub基因就是關(guān)鍵基因，甚至有人認為差異表達基因就是關(guān)鍵基因攒砖。在正式看本文章之前...
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2020-10-20 校正單細胞數(shù)據(jù)的批次效應(yīng)及原理
推薦一篇博文:https://towardsdatascience.com/how-to-batch-correct-single-cell-7bad210c7ae1[htt...
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學(xué)好統(tǒng)計缸兔，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過一個非常驚人的舉動日裙，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)，在沒有使用DESeq多線程參數(shù)parallel的情況下惰蜜，跑了將近40個小時昂拂。 那么問題來了，在...
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AI 如何編輯單細胞熱圖呢參考： 生信類捕獲信號peak圖的美化進階之路IGV 修圖過程 如下圖所示： 使用pheatmap 獲得每一個細胞reads 分布情況抛猖，我們常常保存為pdf. 但是我感覺藍色...
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2020-10-01 jupyter lab 報 kernel error錯誤的解決辦法描述： 進入jupyter-lab后提示kernel不存在格侯，同時自己想要選擇的kernel沒有 原因： "scenic protocol"這個環(huán)境已經(jīng)被我刪除了，重新創(chuàng)建了一...
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2020-09-29 使用Alevin實現(xiàn)【輸入】fastq→【輸出】umi count matrix首先要知道alevin屬于salmon的一個工具财著，用于定量單細胞轉(zhuǎn)錄本联四，使用的比對方式是類似于kallisto的pseudo align，即不將reads比對到基因組上撑教，該算...
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DoubletFinder
相信各位做單細胞的童鞋們朝墩，都遇到過去除多細胞的情況，而Cellranger默認的是前1%（3000cell）伟姐，對于低質(zhì)量的細胞有了算法來確認是否保留收苏，但是對于多細胞而言，Ce...
