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@劉鐵東 不客氣哈

hmmsearch的報(bào)錯(cuò)方案小試

最近又重新做起了進(jìn)化朦蕴，這里就記錄一下的在這個(gè)過程中遇到的問題吧~這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問： 報(bào)錯(cuò)情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下載的文件時(shí)弟头，并不報(bào)錯(cuò)梦重，...

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如果是自己構(gòu)建的hmm文件，不是用參數(shù) --cut-ga --cut-nc --cut-tc 跑跑試試

hmmsearch的報(bào)錯(cuò)方案小試

最近又重新做起了進(jìn)化亮瓷，這里就記錄一下的在這個(gè)過程中遇到的問題吧~這里轉(zhuǎn)述一下師弟的提問： 報(bào)錯(cuò)情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下載的文件時(shí)降瞳，并不報(bào)錯(cuò)嘱支，...

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簡(jiǎn)單回顧一下19年 circRNA 報(bào)道的大事件（CELL合集） 2019年2月7日 (農(nóng)歷己亥年正月初三) 首篇文章報(bào)道了癌癥中 circRNA 的研究工作，研究通過比較報(bào)...

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簡(jiǎn)書上的文獻(xiàn)筆記排版還沒有摸透叹哭，大家可以移步公號(hào)查看，有不便之處痕貌，敬請(qǐng)諒解风罩。鏈接地址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk...

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你好，我想問下舵稠，hmmsearch中這三個(gè)參數(shù)應(yīng)該如何條挑選使用超升，這些對(duì)應(yīng)的模型是不是在分析中也有很大的差異？
我大致翻譯了一下：
--cut_ga : use profile's GA gathering cutoffs to set all thresholding
使用文件的GA gathering cutoffs來設(shè)置所有的閾值
--cut_nc : use profile's NC noise cutoffs to set all thresholding
使用文件的NC noise cutoffs來設(shè)置所有閾值
--cut_tc : use profile's TC trusted cutoffs to set all thresholding
使用文件的TC trusted cutoffs來設(shè)置所有閾值

HMMER3.1使用

最近在探索全基因組基因家族的分析方法哺徊，而找到某一家族需要通過保守結(jié)構(gòu)域來預(yù)測(cè)室琢，從而找到物種的某一基因家族，從而進(jìn)行之后的分析落追。這里就需要用到HMMER3.1軟件盈滴，鑒定物種某一...

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首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html兩者的關(guān)系如下 GTF (gene ...

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首先在此感謝jimmy非常詳盡的教程 HiC數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn)之HiC-Pro本文為三維基因組學(xué)習(xí)筆記的第二篇妹卿，主要記錄HiC-pro的安裝遇到的問題及部分實(shí)戰(zhàn)旺矾。 安裝 首先根據(jù)要...