生物信息學(xué)分析和作圖是科研狗們的必備技能扇雕。近幾年，隨著數(shù)據(jù)類型的增多舆吮，excel惑朦、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了拆融。R語言以其方便经备、快捷的優(yōu)勢兼雄，迅速獲得許多編程技術(shù)不...
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常用生物信息學(xué)分析在線網(wǎng)址 -
在線預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)PyMOL 蛋白質(zhì)是生命活動的體現(xiàn)者，其結(jié)構(gòu)決定著功能占业。由線性氨基酸組成的蛋白質(zhì)需要折疊成特定的空間結(jié)構(gòu)才具有相應(yīng)的生理活性和生物學(xué)功能绒怨。 解析蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)...
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蛋白質(zhì)的可視化，預(yù)測模擬和分子互作（一）
先來一張圖谦疾，總結(jié)一下 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)描述 基因序列->氨基酸->組合表達成結(jié)構(gòu)->氨基酸脫水縮合形成肽鏈南蹂，肽鏈折疊形成三級結(jié)構(gòu)以后才能發(fā)揮作用。 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測的原理 通過一堆...
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基因組共線性工具MCScanX使用說明MCScanX是檢測基因共線性和進化分析的常用工具之一念恍，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+六剥，作者之一的唐海寶老師是國內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿峰伙，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
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基因組共線性工具MCScanXMCScanX一般是做基因組之間的共線性 一疗疟、MCScanX安裝 MCScanX官網(wǎng)http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm下載MCSca...
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MCScanX:分析基因組共線性
說在前面：官網(wǎng)http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/index.php信息很全面，有示例代碼/Manual手冊瞳氓，你值得擁有策彤。以下內(nèi)容基本出自官...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實戰(zhàn):String加Cytoscape聯(lián)手挖掘PPI網(wǎng)絡(luò)
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! 在之前的文章中，我們提到利用網(wǎng)絡(luò)聚類算法可以從復(fù)雜的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中挖掘蛋白復(fù)合體或者相應(yīng)的功能模塊匣摘，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白復(fù)合體的算法...
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PPI網(wǎng)絡(luò)實戰(zhàn)：String+CytoScape+MCODE插件上傳DEGs gene_list到String 調(diào)整分析參數(shù) 然后下載tsv文件 同時下載圖片 將前兩列導(dǎo)入到cytoscape 導(dǎo)入到cytoscape 通過MCODE分析...
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cytoscape及APP(插件)使用手冊
寫在前面： 對于我們大多數(shù)來說，用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說明問題囊咏，更容易讓人理解，并且可以賞心悅目塔橡。細胞內(nèi)部梅割，大量的分子時刻都在發(fā)生著變化或相互作用。對于我們來說葛家，了解這...
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MCScanX ‖ 安裝户辞、報錯解決方法及簡單使用1.簡介： （1）介紹：MCScanX[http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm]采用改進了的MCScan算法，分析基因組內(nèi)或者基因組間的...
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2019-10-31OrthoFinder-----準(zhǔn)確推斷直系同源物癞谒、直系同源群底燎、有根物種和基因樹、基因復(fù)制事件(一)注：圖簡單介紹 Proteomes：有三個物種弹砚，每個方框內(nèi)的存在旁系同源(存在于一個物種中双仍，因基因復(fù)制而被區(qū)分開，且功能發(fā)生改變)(圖中體現(xiàn)為形狀不一樣)桌吃，不同方框之間存在直...
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同源染色體片段檢測工具ColinearScan的使用寫在前面 更好的閱讀體驗請移步這里朱沃。確定染色體同源片段是基因組學(xué)研究的一個重要方面，有助于揭示基因組在歷史上發(fā)生的多種多樣的進化事件，如DNA復(fù)制逗物、染色體重排搬卒、基因丟失等。研...
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String：蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)分析數(shù)據(jù)庫
String數(shù)據(jù)庫是一個搜索已知蛋白質(zhì)之間和預(yù)測蛋白質(zhì)之間相互作用的數(shù)據(jù)庫，該數(shù)據(jù)庫可應(yīng)用于2031個物種失暴，包含960萬種蛋白和1380萬中蛋白質(zhì)之間的相互作用蹂安。它除了包含有...
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5??蛋白質(zhì)的特征信息2:信號肽的預(yù)測和識別序列比對和序列特征分析總目錄 信號肽signal peptide是新合成多肽鏈中的末端（通常N末端）的氨基酸序列，這個序列可以指導(dǎo)蛋白質(zhì)的跨膜轉(zhuǎn)移锐帜。信號肽中包含至少一個帶正電...
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「JCVI教程」如何基于物種的CDS的blast結(jié)果繪制點圖(dotplot)這是唐海寶老師GitHub上的JCVI工具的非官方說明書田盈。該工具集的功能非常多，但是教程資料目前看起來并不多缴阎，因此為了能讓更多人用上那么好用的工具允瞧，我就一邊探索，一邊寫教程 ...
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5?? 蛋白質(zhì)序列基本和特征信息分析(1) :蛋白質(zhì)序列基本信息分析(氨基酸組成蛮拔，理化性質(zhì)述暂，親疏水等)[序列比對和序列特征分析總目錄](http://www.reibang.com/p/878f2b2495ae 蛋白質(zhì)是生命功能的執(zhí)行者，一切生命活動都與蛋白質(zhì)有關(guān)建炫。我們知道...
