黃晶_id

現(xiàn)在我們已經(jīng)具備采用pysam模塊統(tǒng)計比對信息的知識了识藤，這里我們編寫一個程序來統(tǒng)計BAM/SAM文件的信息并使用samtools flagstat進行驗證搭盾。 NA12891_...

黃晶_id

前言 如果對較大的bam文件進行操作時，往往相當(dāng)耗時痒钝，所以將一個很大的bam文件分割為幾個較小的bam文件秉颗，在并行進行分析可以大大縮短所需要的時間。通常來說分割的方法是用ba...

黃晶_id

Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊栋荸，它打包了htslib-1.3菇怀、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...

黃晶_id

@Jiao_35aa 不行呢蝶怔，這個軟件只能是CG

識別差異甲基化區(qū)域的軟件 — DMRfinder

翻譯DMRfinder官方說明文檔。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位點提取兄墅、鑒定以及DMR分析的軟件踢星，具體過程是：Bismark 軟件...

黃晶_id

10029 6 23

黃晶_id

1. awk命令實現(xiàn)文本內(nèi)容行列轉(zhuǎn)化 awk -F '\t' '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++...

黃晶_id

@劉萬成 當(dāng)時寫這些東西時是剛接觸生信啥也不會，學(xué)習(xí)的也不深刻隙咸，很多細(xì)節(jié)也沒注意到沐悦，后來有一定的基礎(chǔ)開始上班了忙到都忘了自己還有簡書了，感謝您的提醒五督，我自己確實要為自己寫的東西負(fù)責(zé)藏否，我把自己早期寫的那些都鎖上了，有時間的話就更改一下再發(fā)充包，沒時間了就自己留作紀(jì)念了副签，再次感謝您的提醒。

Homer軟件的介紹-Homer 找 DNA motif

HOMER 是一套用于Motif查找和二代數(shù)據(jù)分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++編寫的淆储，是Linux command line based冠场。HOMER ...

黃晶_id

4107 6 20

黃晶_id

@Kimmygogo 謝謝，學(xué)習(xí)了~

提取文件中指定列包含特定內(nèi)容的所有行(awk VS python)

Bismark用于C位點提取時是區(qū)分序列環(huán)境的 (如下CX_context.txt文件)本砰，包括：CHH慈鸠、CG、CHG灌具，現(xiàn)在我只想看 CG 序列環(huán)境（context）的情況青团，并...

黃晶_id

556 4 1

黃晶_id

@山__2edf 學(xué)習(xí)了感謝~

提取文件中指定列包含特定內(nèi)容的所有行(awk VS python)

Bismark用于C位點提取時是區(qū)分序列環(huán)境的 (如下CX_context.txt文件)，包括：CHH咖楣、CG督笆、CHG，現(xiàn)在我只想看 CG 序列環(huán)境（context）的情況诱贿，并...

黃晶_id

556 4 1

黃晶_id

確實是娃肿，這個得看自己目的，我們一般只考慮常染色體珠十，所以只下了需要的那部分料扰，如果都需要可以不用按照染色體這么麻煩的下載，直接下載全部完整的fa文件再建立index

運行比對軟件時如何建立index

使用bowtie/bowtie2進行比對時焙蹭，一般不建議自己下載基因組構(gòu)建晒杈，建議直接下載索引文件。但是當(dāng)你需要的參考基因組沒有現(xiàn)成的索引文件時孔厉，還是需要我們自己構(gòu)建index拯钻，...

黃晶_id

1882 3 14

黃晶_id

@風(fēng)笙_b035 確實不能合并，這是剛開始學(xué)的時候機械性的跑了一下撰豺，后來才發(fā)現(xiàn)確實不能合并粪般，就一直沒改筆記，工作之后就不做chip相關(guān)的了時間一長就把它忘記了污桦，謝謝提醒亩歹，我得改下了~

Chip-Seq數(shù)據(jù)處理— 上游篇

Chip-Seq數(shù)據(jù)是這篇文章里的：Super-Enhancers Promote Transcriptional Dysregulation in Nasopharynge...

黃晶_id

3465 18 30

黃晶_id

bamCoverage識別不了test.bam文件 查看deeptools功能 看起來，deeptools一切正常凡橱； 查看deeptools版本信息 重新安裝deeptool...