??Seurat的FeaturePlot可以展示基因在降維空間里各個(gè)分群的表達(dá)情況材原，也可以展示metadata里面的數(shù)據(jù)情況注暗，例如基因集打分情況。雖然這個(gè)函數(shù)繪圖好用猫牡，但是對(duì)...
發(fā)簡信
IP屬地：臺(tái)灣
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FeaturePlot 對(duì)負(fù)值并不友好 -
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riborex：差異翻譯基因分析
??分析差異翻譯基因時(shí)胡诗，為了保證結(jié)果的正確性，除了使用Xtail軟件外淌友，也用riborex分析了一遍煌恢，該軟件封裝了常規(guī)轉(zhuǎn)錄組常用的三種差異分析框架DESeq2、edgeR亩进、V...
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xtail | 差異翻譯基因分析??基因翻譯症虑，即遺傳密碼從轉(zhuǎn)錄本到蛋白質(zhì)的過程，也是功能基因能夠發(fā)揮自身作用前的必經(jīng)之路归薛〉荆基因的翻譯效率收到很多因素的調(diào)控，這其中最直接的是基因本身的轉(zhuǎn)錄豐度主籍，正常情況下习贫，翻...
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jupyter筆記無法導(dǎo)出為html日常瞎掰 ??jupyter做為一種可以交互式的文本化編程工具，真的是越用越順手千元，尤其是針對(duì)那些很快就執(zhí)行完成的代碼真的是所見即所得苫昌。做為代碼筆記工具，jupyter也可以像...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者幸海，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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DoHeatmap畫熱圖時(shí)應(yīng)該注意的點(diǎn)日常瞎掰 ??通過標(biāo)題大家已經(jīng)知道今天我們分享的主要內(nèi)容了祟身。DoHeatmap這個(gè)函數(shù)來自于Seurat包，處理過單細(xì)胞的人應(yīng)該都知道這個(gè)函數(shù)就是用來畫每個(gè)cluster的m...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時(shí)候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列物独，對(duì)于這個(gè)需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實(shí)現(xiàn)袜硫，今天來跟大家分享4款可以完成這個(gè)需求的軟件，廢話不多說了挡篓，直接來看...
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個(gè)性化ChIPseeker注釋peak結(jié)果婉陷，基因 or 功能區(qū)類型隨心選帚称，好用的腳本等你來取??ChIP-seq、ATAC-seq等獲取到基因組范圍內(nèi)的peak后秽澳，需要對(duì)其進(jìn)行基因注釋以便進(jìn)行后續(xù)的分析闯睹。ChIPseeker做為peak注釋的R包，用來很不錯(cuò)担神，但有時(shí)...
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