ChIP-seq試驗(yàn)普遍用于探究蛋白質(zhì)與核酸的結(jié)合作用洁墙。例如最常見的阵难，期望獲得某個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的功能竞惋，查看它結(jié)合到哪些基因啟動(dòng)子區(qū)域并調(diào)控它們的轉(zhuǎn)錄，以及更高級(jí)的分析識(shí)別該轉(zhuǎn)錄因...
IP屬地：廣東
-
使用R包ChIPseeker實(shí)現(xiàn)對(duì)ChIP-seq peaks的注釋 -
基于圖形泛基因組的Reads比對(duì)的審閱與可視化最近研究中遇到個(gè)問(wèn)題谊路，就是翻來(lái)覆去似乎并沒(méi)有找到類似IGV那種看read比對(duì)的基于圖型泛基因組的基因組瀏覽器emmm。。 因此格郁，我們決定，自己做一個(gè)独悴！VAG誕生了效果如下an...
-
GWAS位點(diǎn)簡(jiǎn)單進(jìn)行峰拆分輸出QTNs并基于GFF關(guān)聯(lián)基因
來(lái)自rMVP的關(guān)聯(lián)后的數(shù)據(jù)例书；峰拆分輸出QTNsgetposQTNs.py 基于GFF關(guān)聯(lián)基因，以水稻RAP注釋為例（locus.gff文件刻炒；https://rapdb.dna...
-
Python根據(jù)注釋表實(shí)現(xiàn)基于超幾何分布的Go/KEGG, enrichment分析拿著一個(gè)DEGs的list和基因functional annotation竟然沒(méi)有找到簡(jiǎn)單的腳本一健生成Go或者Kegg的富集結(jié)果,啊這＞霾伞（可能是我懶得找吧） 有需求就自己寫...
-
無(wú)需深度學(xué)習(xí)框架树瞭，如何從零開始用Python構(gòu)建神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
這是一份用于理解深度學(xué)習(xí)內(nèi)部運(yùn)作方式的初學(xué)者指南。作者根據(jù)自己從零開始學(xué)習(xí)用 Python 構(gòu)建神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的經(jīng)驗(yàn)筏勒，編寫了一份攻略移迫。內(nèi)容涵蓋神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)定義、損失函數(shù)管行、前向傳播厨埋、反向...
-
-
為了研究性行為迅涮，奇葩科學(xué)家都做了哪些實(shí)驗(yàn)废赞？
性行為，一種私密又讓人充滿好奇的行為叮姑。在我們觀察研究這個(gè)世界的時(shí)候唉地，這個(gè)課題又怎能不引起科學(xué)家們的好奇與探索？ 在《瘋狂實(shí)驗(yàn)史》這本書中传透，作者就記錄了科學(xué)家們對(duì)于這個(gè)課題所做...
-
超簡(jiǎn)單python腳本實(shí)現(xiàn)Selenium+Xpath框架下批量自動(dòng)通過(guò)文章名字識(shí)別文章類型并下載(還有不靠譜的機(jī)讀)在這個(gè)不平凡的2020的最后幾天耘沼，林小姐的Group project分工分到了對(duì)155篇文章進(jìn)行是否是RCT（Randomized Controlled Trial）研究的判...
-
兒童節(jié)禮物！常用水稻數(shù)據(jù)庫(kù)及生信在線平臺(tái)總結(jié)兒童節(jié)嘛朱盐，就稍微用我與兒童一致的粗淺學(xué)識(shí)總結(jié)一下 水稻表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)1 efp(非常全面)：http://bar.utoronto.ca/efp_rice/cgi-bin/ef...
-
-
畫一棵屬于你的小櫻花吧兵琳！一鍵畫出生成一株屬于你的小櫻花 下載地址：https://github.com/lipingfangs/drawyourlittletree（主頁(yè)面點(diǎn)擊clone or do...
-
沒(méi)啊我寫的這個(gè)就是生成矩陣的代碼 要用resfinder.py生成的result做原材料 用這個(gè)腳本生產(chǎn)矩陣
超簡(jiǎn)單python腳本實(shí)現(xiàn)從resfinder+blast下機(jī)數(shù)據(jù)到csv抗性基因矩陣
今天還是在做張阿姨的項(xiàng)目狂秘，還是那100多個(gè)菌骇径，她說(shuō)要blast一下抗性基因，那就比咯者春，最出名與權(quán)威的的細(xì)菌抗性基因庫(kù)自然肯定是resfinder了破衔。 寫個(gè)循環(huán)，刷刷弄完真開心...
-
收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡(jiǎn)友整理的生信分析流程忠售！ 如果簡(jiǎn)友投稿沒(méi)有被我收入專題，可能是我沒(méi)看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了迄沫。望見諒稻扬！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看羊瘩。 ?? 全基因組測(cè)序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq泰佳、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測(cè)序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖、曼哈頓圖的繪制等 ?? python尘吗、perl逝她、R的包的使用過(guò)程 ?? 具體工具的使用，比如GATK的使用過(guò)程 ?? 數(shù)據(jù)庫(kù)的挖掘方法睬捶，比如TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來(lái)的流程 ?? ?? ??
-
超簡(jiǎn)單python腳本實(shí)現(xiàn)從resfinder+blast下機(jī)數(shù)據(jù)到csv抗性基因矩陣今天還是在做張阿姨的項(xiàng)目擒贸，還是那100多個(gè)菌臀晃，她說(shuō)要blast一下抗性基因，那就比咯介劫，最出名與權(quán)威的的細(xì)菌抗性基因庫(kù)自然肯定是resfinder了徽惋。 寫個(gè)循環(huán)，刷刷弄完真開心...
