前言 與傳統(tǒng)的單細(xì)胞分析工具不同委煤，muscat更加關(guān)注于揭示樣本間的變異性蛾绎，從而得出更具普遍性的結(jié)論。在上一期的推文中muscat：專(zhuān)注于多樣本多分組的單細(xì)胞差異分析[htt...
IP屬地：安徽
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muscat代碼實(shí)操（一）：模擬復(fù)雜的 scRNA-seq 數(shù)據(jù)以及評(píng)估不同的差異表達(dá)分析方法的性能 -
R>>pheatmap01-列標(biāo)簽顏色修改pheatmap是繪制熱圖的神包宛畦，在繪制過(guò)程總常常會(huì)遇到一些小細(xì)節(jié)邻梆，需要慢慢的磨合取調(diào)整奔誓，下面就逐步來(lái)攻克這個(gè)過(guò)程中的小脾氣，首先是列標(biāo)簽顏色的調(diào)整站粟，這時(shí)候用到的是annot...
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使用R語(yǔ)言繪制折線圖寫(xiě)在前面 昨天我們分享了使用Python繪制折線圖的教程黍图，跟著NC學(xué)作圖 | 使用python繪制折線圖[https://mp.weixin.qq.com/s/PiIE78A...
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SCPA（二）：揭示兩群細(xì)胞代謝活性差異
前言 Immugent在之前的一篇推文：SCPA（一）：揭示兩群細(xì)胞通路差異的優(yōu)化流程[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5OD...
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funkyheatmap |臨床+組學(xué)+分組數(shù)據(jù)可視化“神器”，時(shí)髦的熱圖
|本文首發(fā)于“生信補(bǔ)給站”公眾號(hào)卒蘸，https://mp.weixin.qq.com/s/04FA3O4QVwg9CNtHBWbUYw[https://mp.weixin.qq...
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文獻(xiàn):單細(xì)胞+空間轉(zhuǎn)錄組分析揭示大腸癌中 成纖維細(xì)胞和巨噬細(xì)胞的相互作用文獻(xiàn)名稱(chēng): Single-cell and spatial analysis reveal interaction of FAP fibroblasts and SPP1 m...
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癌細(xì)胞遠(yuǎn)程遙控巨噬細(xì)胞雌隅，為轉(zhuǎn)移做足準(zhǔn)備“前方請(qǐng)注意！前方請(qǐng)注意!有癌細(xì)胞出沒(méi)缸沃！” “收到恰起！巨噬細(xì)胞聽(tīng)我口令，吞噬前方癌細(xì)胞趾牧！” “報(bào)告检盼，巨噬細(xì)胞受到抑制，淪陷在敵占區(qū)翘单，正在幫癌細(xì)胞干活吨枉！” 這是癌細(xì)胞轉(zhuǎn)移戰(zhàn)中經(jīng)常...
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「r<-包」使用 sigminer 進(jìn)行突變模式分析突變模式分析（Mutational Signature Analysis）已經(jīng)逐步成為變異檢測(cè)后一個(gè)通用分析，這篇文章簡(jiǎn)單介紹如何使用 sigminer 進(jìn)行突變模式分析哄芜，以...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析工具（TF貌亭，motifs）-SCENIC相信很多專(zhuān)題應(yīng)該已經(jīng)講過(guò)SCENIC的使用，這兒认臊，針對(duì)我自己對(duì)SCENIC的學(xué)習(xí)使用圃庭，遇到的問(wèn)題做一個(gè)詳細(xì)的講解說(shuō)明，希望能對(duì)大家理解學(xué)習(xí)應(yīng)用SCENIC起到一些幫助失晴。 SC...
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R-熱圖-pheatmappheatmap是繪制熱圖的經(jīng)典R包剧腻。其中一些細(xì)節(jié)參數(shù)設(shè)置，之前每次遇到都是網(wǎng)上搜索涂屁。這次系統(tǒng)整理下常用用法书在，為以后繪圖提供方便。 0拆又、示例數(shù)據(jù)與R包加載 （1）模擬示例數(shù)據(jù)...
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KM生存分析這個(gè)系列從2022年開(kāi)始儒旬，一直更新使用R語(yǔ)言分析數(shù)據(jù)及繪制精美圖形栏账。小杜的生信筆記主要分享小杜學(xué)習(xí)日常！如果栈源，你對(duì)此感興趣可以加入該系列的學(xué)習(xí)发笔。 最終圖形 本期圖形代碼 數(shù)據(jù)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-16-用Scater包分析文章數(shù)據(jù)
劉小澤寫(xiě)于19.8.20-第三單元第九講：使用Scater包筆記目的：根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：http://jm...
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基因相關(guān)性的計(jì)算在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組解析肥厚性心肌病發(fā)病機(jī)制[http://www.reibang.com/p/f270b9431427]里面看到計(jì)算某基因與其它基因的相關(guān)性 方法里寫(xiě)的是這樣做...
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空間聚類(lèi)算法BayesSpace空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時(shí)，全面測(cè)量轉(zhuǎn)錄組圖譜凉翻。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒(méi)有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問(wèn)題捻激。BayesSpace是一種完全貝葉斯統(tǒng)...
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Scanpy可視化函數(shù)匯總Scanpy數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)：AnnData[http://www.reibang.com/p/9b057e105c42]Scanpy分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)：預(yù)處理和聚類(lèi)[https://...
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hdWGCNA系列推文（三）：分析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)前言 Immugent在hdWGCNA系列推文第一篇：hdWGCNA：將單細(xì)胞和空間轉(zhuǎn)錄組的WGCNA分析變成現(xiàn)實(shí)[https://mp.weixin.qq.com/s?__...
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monocle實(shí)操+細(xì)胞功能富集分析monocle實(shí)操 1 軟件安裝 1.1 conda安裝——Linux https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-monocle[...
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【單細(xì)胞高級(jí)繪圖】07.KEGG富集結(jié)果展示這一節(jié)畫(huà)的圖是比較新的制轰，圖中我用紅色箭頭標(biāo)出的是pathway 注釋信息(big annotation，自己想的胞谭，非專(zhuān)有名詞)垃杖，縱軸花花綠綠的標(biāo)注是pathway的 注釋(s...
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Monocle擬時(shí)間分析Monocle可以進(jìn)行下面三種類(lèi)型的分析，可以與seurat無(wú)縫連接： 1 對(duì)細(xì)胞進(jìn)行聚類(lèi)丈屹、分組和計(jì)算调俘；2.進(jìn)行擬時(shí)間分析；3.差異表達(dá)分析旺垒； 2.Constructing ...