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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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hyphy計算選擇壓力(+pal2nal的使用)官網(wǎng)：http://www.hyphy.org/[http://www.hyphy.org/]http://www.bork.embl.de/pal2nal/[http://...
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流程很棒菲盾！在后面重復(fù)作者流程的時候磺芭，在第五步有報錯Error, len(target_sequence)=33 and pwm length = 0 婴噩÷嫫玻看了軟件作者的git料滥，如果遇到這個報錯可以加--no_refine_starts參數(shù)
利用三代轉(zhuǎn)錄本升級基因組注釋（gff3）
因為課題需要，我們在前期組裝了一個基因組并進行了注釋艾船，但是存在兩個問題葵腹，一個是沒有考慮可變剪切，另一個是注釋的基因并不準(zhǔn)確屿岂，三代轉(zhuǎn)錄組的廣泛普及對于基因研究提供了很大的便利践宴，...
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日常搬磚
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(bed运授、gff烤惊、vcf......)不同基因組之間的坐標(biāo)轉(zhuǎn)換基本思路都是從不同軟件的結(jié)果通過手動操作轉(zhuǎn)為minimap2的paf格式再轉(zhuǎn)為chain文件，基于chain文件便能獲得坐標(biāo)轉(zhuǎn)換paf文件格式解讀:https://wap.s...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺的、極快的逗宜，全面的fasta/q處理工具雄右。SeqKit為所有的主流操作系統(tǒng)提供了一種可執(zhí)行的雙元...
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RNA-seq入門實戰(zhàn)（六）：GO擂仍、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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GOstats: 麻瓜一鍵分析 GO/KEGG 富集情況本菜甚至是不好意思PO這篇 Tools for manipulating GO and microarrays Falcon S, Gentleman R (2007). “...
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生物信息學(xué)中常用的文件轉(zhuǎn)換命令
放置在最前面的參考鏈接 http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/SOPs/coordinates 支持的文件轉(zhuǎn)換類型 text file to wig...
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宏基因組學(xué)/群體遺傳學(xué) 方向
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2021-01-04根據(jù)SNP驗證自然選擇—XPEHH分析轉(zhuǎn)載自https://mp.weixin.qq.com/s/1IM6KSCGIq0cUJhKKXVcIw 背景 選擇清除分析是常用于鑒定群體基因組水平受選擇區(qū)域的一種方法逢渔，其...
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用Beagle做基因型填充（Imputation）在學(xué)習(xí)基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相肋坚、單倍體分型），主要是參考公眾號堿基礦工中的一篇文章：人類基因組的Phasing原理是什么肃廓。建議多讀幾遍 Pha...
