泛癌的基因表達(dá)量一般可以用TCGA和GTEx實(shí)現(xiàn)啸胧，但是腫瘤細(xì)胞系一般用CCLE臨床生信之家[https://www.aclbi.com/static/index.html#/...
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單基因的腫瘤細(xì)胞系表達(dá)怎么看李剖？CCLE告訴你 -
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這篇3分文章教你如何系統(tǒng)地分析一個你感興趣的通路今天跟大家分享的是2020年1月發(fā)表在CancerCell International（IF：3.439）雜志上的一篇文章Overexpression of kinesin ...
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轉(zhuǎn)錄因子的研究思路
轉(zhuǎn)錄因子（Transcriptionfactor崭添，TF)是一種能與特異DNA序列結(jié)合的蛋白震叙，可以單獨(dú)或與其他蛋白形成復(fù)合體犬金，提高或阻斷特定基因?qū)NA聚合酶的招募昔期，調(diào)控基因的...
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（日常記錄）使用TBtools批量提取基因組中的CDS骂远、UTR、exon等在分析基因組數(shù)據(jù)時翠订，我們有時候只需要基因組中某個部位的信息巢音，比如涉及編碼蛋白功能就只需要CDS序列，研究miRNA與mRNA互作時尽超，只需要3‘UTR序列官撼，那么如何簡單快速的得...
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GEO挖掘?qū)崙?zhàn)二、差異分析及富集分析「生信技能樹」三陰性乳腺癌表達(dá)矩陣探索 系列筆記GEO挖掘?qū)崙?zhàn)一橙弱、初步探索數(shù)據(jù) - 簡書GEO挖掘?qū)崙?zhàn)二歧寺、差異分析及富集分析 - 簡書GEO挖掘?qū)崙?zhàn)三、GSVA - 簡書GE...
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TCGA甲基化數(shù)據(jù)下載以及相關(guān)臨床信息整理之前的文章里已經(jīng)按照教程進(jìn)行了TCGA數(shù)據(jù)庫的一些練習(xí)（RNA-seq棘脐、芯片斜筐、生存分析），現(xiàn)在學(xué)習(xí)TCGA甲基化數(shù)據(jù)的分析過程蛀缝。 參考文章：1.甲基化的一些基礎(chǔ)知識2.Mak...
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太好用了顷链！批量生存分析，一步到位屈梁，還支持最佳截點(diǎn)~花花寫于2020-7-15嗤练。今天一口氣寫了幾個新的處理tcga數(shù)據(jù)的函數(shù)榛了。加在tinyarray里了，1.3.1版本以上可用~當(dāng)前版本有一個小缺點(diǎn)煞抬，因為有一步用到了字符型和數(shù)...
