以下內(nèi)容參考了博客https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/12818888.html洽腺、前研究組師妹的總結(jié)資料和MCMCTree tutorial...
IP屬地：黑龍江
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mcmctree進(jìn)行分化時(shí)間的估算 -
Fst和Dxy(gpt版??)
Fst 和 Dxy 是遺傳學(xué)中用于衡量不同種群之間遺傳分化的兩個(gè)指標(biāo)前硫，但它們的意義和計(jì)算方式不同烟央，因此計(jì)算結(jié)果差異很大是正常的坑傅。 1. Fst（Fixation Index）...
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生信教程：使用拓?fù)浼訖?quán)探索基因組進(jìn)化（2）
使用 Twisst 探索整個(gè)基因組的進(jìn)化關(guān)系的拓?fù)浼訖?quán)教程[https://github.com/simonhmartin/tutorials/blob/master/top...
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「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第三課: 如何對SNP位點(diǎn)進(jìn)行過濾
往期教程 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過濾 SNP過濾有兩種情況，一種是僅根據(jù)位點(diǎn)質(zhì)...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經(jīng)過基因組糾錯(cuò)（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上废士，使其由contig/scaffold級別的基因組提升到chromoso...
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間基因序列中的密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換，具有恒定的演化速率另萤，因此兩個(gè)物種時(shí)間的遺傳距離與物種分歧時(shí)間成正比湃密。 本文就利用mcmctree估算物種分歧時(shí)間做一...
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Hi-C輔助基因組組裝原理｜主流軟件導(dǎo)語 Hi-C是高通量染色體構(gòu)象捕獲（High-throughput Chromosome Conformation Capture, Hi-C）技術(shù)的簡稱，開發(fā)于2009年...
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群體雜交漸滲基因流軟件基因型填充 - fillGenotype - beagle 基因型填充(Genotype-Imputation)：從原理到操作 - 知乎 (zhihu.com)[https:...
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【HiC掛載】3D-DNA掛載目前四敞，用于Hi-C輔助基因組組裝的軟件有LACHESIS、SALSA2拔妥、3D-DNA忿危、ALLHiC等，包括這2年發(fā)的hic_hiker等没龙， 這些軟件在基因組組裝方面各有優(yōu)劣铺厨。...
