最近在學(xué)習(xí)構(gòu)建進(jìn)化樹究反，嘗試了用PHYML構(gòu)建ML樹和用MrBayes構(gòu)建貝葉斯樹石咬，因?yàn)闃?gòu)建ML樹時(shí)用的是網(wǎng)站的PHYML進(jìn)行的盆赤，操作簡便，所以就未做整理，只詳細(xì)整理了一下貝葉...
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用MrBayes構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹操作步驟整理總結(jié)
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七. 植物葉綠體基因組--組裝，注釋和比較作圖（GetOrganelle，GeSeq截酷，Chloroplot，IRscope）一. 簡介 葉綠體是綠色植物乾戏，藻類和藍(lán)細(xì)菌進(jìn)行光合作用的場所迂苛，光合作用將水和二氧化碳轉(zhuǎn)變?yōu)橛袡C(jī)化合物并放出氧氣。葉綠體所攜帶遺傳物質(zhì)DNA鼓择，以原核細(xì)胞的編碼方式轉(zhuǎn)錄合成一些自...
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bowtie2比對軟件的安裝及參數(shù)詳解
測序數(shù)據(jù)分析軟件念搬，Bowtie是一個超快的抑堡，存儲高效的短序列片段比對程序。它能夠以每小時(shí)處理2500萬35bp reads的速度朗徊，將短的DNA序列片段（reads）比對到人類...
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代謝組學(xué)10問10答——帶你輕松入門（基礎(chǔ)版）轉(zhuǎn)錄組首妖、蛋白組和代謝組，在這三大組學(xué)中爷恳，代謝組被認(rèn)為是難度最大的組學(xué)有缆。因?yàn)榇x物種類多，組成復(fù)雜温亲，涉及到的儀器平臺多棚壁，分析方法難，數(shù)據(jù)庫多栈虚，標(biāo)準(zhǔn)品庫不全面等袖外，這些原因都導(dǎo)致了...
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RNA-seq 數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)戰(zhàn)（綜述）知識的學(xué)習(xí)沒有一蹴而就，沒有捷近魂务，扎實(shí)的學(xué)習(xí)是唯一的捷近曼验。 一篇RNA-seq分析流程的綜述，全面而詳細(xì)头镊！深度好文蚣驼，可用來反復(fù)閱讀魄幕。初學(xué)者用于把握RNA-seq真?zhèn)€流程及各個...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)基礎(chǔ)——什么是RNA-seq當(dāng)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)分析時(shí)相艇，會發(fā)現(xiàn)有兩種數(shù)據(jù)。一種被稱為芯片數(shù)據(jù)（Microarray data)纯陨，另一種是下一代測序技術(shù)（NGS）得到的數(shù)據(jù)（eg坛芽，二代測序，三代測序）翼抠。 目...
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轉(zhuǎn)錄組分析流程
一咙轩、讀文章獲取下載數(shù)據(jù) 1、讀文章 一般我都從NCBI上面下載文章阴颖，找到數(shù)據(jù)號 2活喊、下載數(shù)據(jù) 進(jìn)入NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫，輸入數(shù)據(jù)號量愧，通過FTP下載數(shù)據(jù)钾菊，并使用fastq-d...
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GenomeSyn基因組共線性及結(jié)構(gòu)變異可視化工具三代Pacbio和Nanopore測序技術(shù)的快速發(fā)展推動了比較基因組學(xué)領(lǐng)域的進(jìn)步，泛基因組構(gòu)建和結(jié)構(gòu)變異識別成為該領(lǐng)域研究前沿偎肃。其中煞烫，共線性分析是比較基因組學(xué)的重要組成部分，...
