我們拿到的觀測(cè)數(shù)據(jù)常常是有缺失值的，有時(shí)候基于數(shù)據(jù)分布是可以預(yù)測(cè)缺失值。有時(shí)候卻是不能弃锐，比如缺失值太多，數(shù)據(jù)量太小蒙兰。因此扇住，計(jì)算相關(guān)性時(shí)需要考慮到缺失值的使用迈窟。在R中的基礎(chǔ)函數(shù)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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R x相關(guān)性計(jì)算時(shí)缺失值的處理
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細(xì)菌感染+VTE細(xì)菌感染： 排除掉帶“病毒”的名字合并細(xì)菌和不合并細(xì)菌感染的VTE和PE的發(fā)生率 PE_yingxiang HVTE的發(fā)生率合并細(xì)菌感染的人群的菌類(lèi)分布——菌譜不同菌類(lèi)感染 ...
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R將一列拆分為幾列的方法
例如我們需要將一下數(shù)據(jù)的第二列從and處拆分為兩列： attr type1 1 foo_and_bar2 30 foo_and_bar_23 ...
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R語(yǔ)言可視化學(xué)習(xí)筆記之ggpubr包Hadley Wickham創(chuàng)建的可視化包ggplot2可以流暢地進(jìn)行優(yōu)美的可視化缝其，但是如果要通過(guò)ggplot2定制一套圖形挎塌，尤其是適用于雜志期刊等出版物的圖形，對(duì)于那些沒(méi)有...
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全解TOmicsVis完美應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組可視化R包1. TOmicsVis R包簡(jiǎn)介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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一文學(xué)會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的CellRanger（一）一氏淑、什么是Cell Ranger勃蜘？ Cell Ranger 是一組分析管道，用于處理 Chromium 單細(xì)胞數(shù)據(jù)假残，將fastq原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)比對(duì)等、生成表達(dá)定量矩陣炉擅、執(zhí)行聚類(lèi)...
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scRNA-Seq | Seurat 安裝和輸入數(shù)據(jù)類(lèi)型
一辉懒、安裝及載入 1.直接安裝 BiocManager 安裝 devtools 安裝 conda 安裝如果上述步驟嘗試不可行，請(qǐng)嘗試下面方法用 conda 安裝 R 及 Seu...
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三分鐘快速搭建Vue2+webpack項(xiàng)目三分鐘快速搭建Vue2+webpack項(xiàng)目 項(xiàng)目目錄 如下圖： 圖1 其中： 【package.json】：對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行描述谍失，包括項(xiàng)目的基本信息眶俩、依賴(lài)模塊的版本信息等等； 注意...
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KOBAS3-docker終于跑起來(lái)了快鱼。
前言：Docker安裝成功了Kobas下載成功了颠印，也load成功了無(wú)意間的操作，竟然跑成功了抹竹。呵呵 在成功跑起來(lái)之前线罕，一直沒(méi)有運(yùn)行映射命令。 如果沒(méi)有運(yùn)行上面的映射命令窃判。運(yùn)行...
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DNA甲基化分析④去重復(fù)＆計(jì)算胞嘧啶的甲基化值
1钞楼、去除冗余的reads 結(jié)果： 2、將bam文件轉(zhuǎn)化為sam文件 結(jié)果： 3袄琳、計(jì)算每個(gè)胞嘧啶的甲基化值 結(jié)果：
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DNA甲基化分析③使用bismark比對(duì)
1询件、將參考基因組進(jìn)行重亞硫酸鹽的預(yù)處理轉(zhuǎn)換 結(jié)果： 2燃乍、將數(shù)據(jù)比對(duì)到已經(jīng)轉(zhuǎn)化了的參考基因組上 一次處理單個(gè)樣本： 一次處理多個(gè)樣本： ps:--genome /路徑/ref...
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DNA甲基化分析②數(shù)據(jù)質(zhì)控質(zhì)控原則 好的結(jié)果需要好的數(shù)據(jù)。原始下機(jī)測(cè)序數(shù)據(jù)(raw data)中宛琅，有些reads包含有測(cè)序接頭序列刻蟹，這些序列不屬于測(cè)序物種中的原有序列，因此質(zhì)控過(guò)程中需要剪切去除嘿辟。同時(shí)...
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bismark甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)（WGBS座咆、RRBS）處理流程傻瓜教學(xué)-bismark前期準(zhǔn)備對(duì)自己這段時(shí)間魔鬼式修行l(wèi)inux的總結(jié)因?yàn)樽约菏切“祝詫?xiě)了小白也能看懂的傻瓜教程（第一次寫(xiě)教程仓洼，有錯(cuò)還請(qǐng)大佬們指出） 1介陶、數(shù)據(jù)下載 bismark要求fastq的數(shù)據(jù)格...
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DNA甲基化分析①數(shù)據(jù)及軟件準(zhǔn)備
（上接Mimiconda的安裝與配置） 1、上傳和下載數(shù)據(jù) 創(chuàng)建WGBS文件夾用來(lái)存放測(cè)序數(shù)據(jù)和參考基因組序列數(shù)據(jù) 下載參考基因組和注釋文件 Gencode數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站地址：h...
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DNA甲基化數(shù)據(jù)分析(二)DSS是一個(gè)R包色建，對(duì)基于計(jì)數(shù)的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行差異分析哺呜。 它可以檢測(cè)來(lái)自RNA-seq的差異表達(dá)基因（DEG），以及來(lái)自亞硫酸氫鹽測(cè)序（BS-seq）的差異甲基化位點(diǎn)或區(qū)域（DM...
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Bismark Bisulfite Mapper學(xué)習(xí)筆記（一）數(shù)據(jù)預(yù)處理官方手冊(cè)（2020 Sep更新）https://github.com/FelixKrueger/Bismark/tree/master/Docs[https://github...
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ChAMP分析甲基化芯片數(shù)據(jù)-差異分析上篇
經(jīng)過(guò)預(yù)處理之后的數(shù)據(jù)箕戳，就可以進(jìn)行差異分析了某残。對(duì)于甲基化芯片而言，有兩個(gè)方面的差異分析 DMP 差異甲基化探針 DMR 差異甲基化區(qū)域 在ChAMP包中陵吸，champ.DMP函數(shù)...
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ChAMP 分析甲基化芯片數(shù)據(jù)-差異分析下篇
對(duì)于甲基化芯片的差異分析玻墅，除了有探針?biāo)降牟町惙治觯€有差異甲基化區(qū)域DMR分析壮虫。 差異甲基化區(qū)域的示意圖如下： 該圖片來(lái)自Bumphunter的文獻(xiàn)澳厢，圖中綠色矩形代表的就是...
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R語(yǔ)言 -- 尋找差異甲基化區(qū)域（DMR）-- DSS 包
最好的文檔其實(shí)還是官方文檔。饶唤。徐伐。http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/DSS/inst/doc/DS...