@sunny_ab1b 可以搜一下網(wǎng)上的資料黍匾，有很多關(guān)于DEseq2的教程～
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth轨帜，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進(jìn)行相關(guān)的分析膘盖。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后转锈，我們經(jīng)常做的分析之一就是差異...
發(fā)簡信
IP屬地：陜西
-
-
@sunny_ab1b 差異基因數(shù)量和樣本可能也有很大的關(guān)系
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth盘寡，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進(jìn)行相關(guān)的分析。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后黑忱，我們經(jīng)常做的分析之一就是差異...
-
@hjl7513 人生就是反復(fù)陷入思考與迷茫
比任何時候都要接近夢想
如果說每個人的人生必然會遇到幾個轉(zhuǎn)折點甫煞，那我絕對相信2020年會成為我人生的一個轉(zhuǎn)折點，甚至是一個重大轉(zhuǎn)折點冠绢。 這么想來抚吠，或許2019年所做的大部分事情都是為2020年作鋪墊...
-
@一條生物狗 過了很多年的回復(fù)??
Qiime1-1.介紹
倒騰學(xué)習(xí)了一段時間的qiime1和qiime2，決定苦心整理一下學(xué)習(xí)成果弟胀。雖然不知道啥時候才能更完楷力。主要參考下述網(wǎng)站的分析流程：https://twbattaglia.git...
-
六種方法查看R函數(shù)源代碼，為啥第三種最惹人喜歡孵户？所謂：操千曲而后曉聲萧朝，觀千劍而后識器。 作為一個開源軟件夏哭，R的一個非常大的優(yōu)點就是我們可以隨意查看所有算法的源代碼检柬，在對這些源代碼進(jìn)行分析的過程中不僅可以加深對算法的認(rèn)識，而...
-
@我們一起舔過鐵欄桿 感謝幫忙回復(fù)竖配。
R數(shù)據(jù)可視化20:弦圖
終于超過1k粉絲啦～之前說要小小慶祝一下何址，害怕直接放文章里會被封文章，所以福利大家可以見評論进胯。前幾周忙著答辯畢業(yè)事宜沒有時間更新用爪，雖然這幾天也挺忙哈哈哈哈，不過還是要定期更新...
-
@z_969d 最近看到作者在github上回復(fù)了這個問題胁镐，說是雖然novoeq 6000前面的模型結(jié)果會有點奇怪偎血，但是不影響后續(xù)的使用诸衔，詳見：https://github.com/benjjneb/dada2/issues/1524
ASV和OTU有什么不同？哪個更好颇玷？
遇到了一個16S的課題笨农，于是開始認(rèn)真學(xué)習(xí)ASV和OTU的差別，順手整理一下亚隙。 擴(kuò)增子測序和鳥槍法測序已經(jīng)成為微生物組領(lǐng)域最常見的研究手段磁餐。盡管鳥槍法測序可以為我們提供更高分辨...
-
@z_969d 因為這款測序儀對測序質(zhì)量的評分變化了 只有幾個等級 因此在建立error模型的時候會出現(xiàn)問題??
ASV和OTU有什么不同？哪個更好阿弃？
遇到了一個16S的課題诊霹，于是開始認(rèn)真學(xué)習(xí)ASV和OTU的差別，順手整理一下渣淳。 擴(kuò)增子測序和鳥槍法測序已經(jīng)成為微生物組領(lǐng)域最常見的研究手段脾还。盡管鳥槍法測序可以為我們提供更高分辨...
-
@cbf7ac7e39f2 那我也沒了??
GenVisR包：突變類型不在waterfall函數(shù)指定范圍？
GenVisR包是一個用于基因組可視化的包入愧。為我們提供了多種用于展示基因組突變鄙漏、基因突變等圖像，包括我們熟知的基因突變瀑布圖等棺蛛。今天介紹該包中的waterfall函數(shù)功能怔蚌。 ...
-
@壹生醫(yī)路 給的變量不是數(shù)值
R數(shù)據(jù)可視化1: 火山圖
拖延癥讓我一直疲于整理qiime2的分析過程。而且手上暫時也沒有相應(yīng)的16S數(shù)據(jù)要分析旁赊，所以打算整理整理R的畫圖腳本桦踊。而且總是百度一些畫圖細(xì)節(jié)讓我“厭倦”了，覺得自己急需整理...
-
周運(yùn)來，男离福，長大了才會遇到的帥哥杖狼，穩(wěn)健，瀟灑妖爷，大方蝶涩，靠譜。一段生信緣赠涮，一棵技能樹子寓。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人笋除，簡書創(chuàng)作者斜友，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
-
數(shù)量生態(tài)學(xué)筆記||冗余分析（RDA）概述冗余分析（redundancy analysis垃它，RDA）是一種回歸分析結(jié)合主成分分析的排序方法鲜屏，也是多響應(yīng)變量（multiresponse）回歸分析的拓展烹看。從概念上講，RD...
-
@花瓣雨落下花開半夏 不好意思洛史，沒有做過這兩類RNA的注釋惯殊，不太清楚流程
R實例：limma包分析Agilent 4x44K Arrays
目前網(wǎng)頁上常見的是使用Affy的包對Affymetrix的芯片分析教程，而忽略了對其他平臺芯片分析也殖。limma包是一個針對芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的R包土思，支持不同平臺的芯片數(shù)據(jù)。 數(shù)...
-
from 和 to是一條連線兩頭的兩個節(jié)點忆嗜，value是線的粗細(xì)己儒，可以理解為關(guān)聯(lián)的強(qiáng)度
R數(shù)據(jù)可視化18:弧形圖
每次有正事的時候就想逃避寫個簡書，假裝自己沒有干不正經(jīng)的事捆毫。（明明我還有一些數(shù)據(jù)需要分析呢闪湾，但是毫無分析的動力。）好的绩卤，今天我們來介紹一個很酷炫的圖：弧形圖（Arc Diag...
-
@Tarim_Med 不是大佬 哈哈哈所以已經(jīng)很久沒有更新了
我想做個理想主義者
昨天（6.17）是一年一度的生日途样。一如既往，要進(jìn)行一番自我思考濒憋、自我剖析何暇。 緣分妙不可言 本科畢業(yè)4年，碩士畢業(yè)1年凛驮，9月即將正式入學(xué)讀生物博士赖晶。8年前，高考結(jié)束的那一刻辐烂，我...
-
MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心纠修，又辜負(fù)了努力
-
@vv2020 質(zhì)控后 不過現(xiàn)在二代測序比較成熟 測序質(zhì)量都比較高 可能質(zhì)控前后差別也不會太大
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我們來簡單介紹一下非常快捷好用的一個RNAseq工具——Kallisto厂僧。Kallisto被我推薦的原因是其速度非晨鄄荩快，在我的Mac Pro就可以運(yùn)行使用颜屠，而且其結(jié)果也比...
-
@DoctorW 可以的辰妙。不過最好看一下之前用什么測序儀測的，最新的Novaseq 6000其實還不是特別適合用dada2做ASV
ASV和OTU有什么不同甫窟？哪個更好密浑？
遇到了一個16S的課題，于是開始認(rèn)真學(xué)習(xí)ASV和OTU的差別粗井，順手整理一下尔破。 擴(kuò)增子測序和鳥槍法測序已經(jīng)成為微生物組領(lǐng)域最常見的研究手段街图。盡管鳥槍法測序可以為我們提供更高分辨...
-
@凱呀 我習(xí)慣用TPM
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推薦的分析軟件是Sleuth，所以我們本次介紹如何使用Sleuth進(jìn)行相關(guān)的分析懒构。 RNA-seq在完成轉(zhuǎn)錄本的鑒定及定量后餐济，我們經(jīng)常做的分析之一就是差異...
個人介紹
本科畢業(yè)于浙江大學(xué)，碩士畢業(yè)于復(fù)旦大學(xué)胆剧，浙大讀博ing絮姆。
如果沒有及時回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com
如果沒有及時回復(fù)可以發(fā)送郵件：jlyq617@gmail.com