首先從一篇JCO 的圖表說起 文章的目的是為比較HAIC與TACE對(duì)于大肝癌的治療效果，研究設(shè)計(jì)為前瞻性隨機(jī)對(duì)照三期臨床試驗(yàn)颗搂，最后獲得了一個(gè)陽(yáng)性結(jié)果靶草，既HAIC療效優(yōu)于TAC...
IP屬地：江蘇
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亞組分析交互作用的P值計(jì)算及其可視化 -
R語(yǔ)言| 亞組分析森林圖（基于HR結(jié)果）歡迎大家關(guān)注我的公眾號(hào)：一只勤奮的科研喵[http://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__biz=Mzg2MjU2NDQwMg==&hid=2&s...
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R語(yǔ)言gtsummary包快速制作臨床試驗(yàn)基線特征表
在臨床試驗(yàn)中蹄胰，我們常常需要繪制組間比較的基線特征表，也是臨床試驗(yàn)統(tǒng)計(jì)分析的第一步奕翔。今天給大家介紹一款好用的R包——“gtsummary”裕寨，不僅可以自定義輸出形式（可以滿足多種...
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這個(gè)世界流行離開驾窟，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語(yǔ)言：R Author: YQ#########...
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【分享】使用limma庆猫、Glimma和edgeR，RNA-seq數(shù)據(jù)分析易如反掌原文來自這里绅络，略編輯 摘要 簡(jiǎn)單且高效地分析RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的能力是Bioconductor的核心優(yōu)勢(shì)月培。 RNA-seq分析通常從基因水平的序列計(jì)數(shù)開始，涉及到數(shù)據(jù)預(yù)處理恩急，探索...
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CIBERSORT 免疫浸潤(rùn)(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤(rùn)計(jì)算方法是CIBERSORT和ssgsea杉畜，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
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免疫細(xì)胞豐度與基因表達(dá)量的相關(guān)性熱圖1.目的 要把免疫細(xì)胞與某些基因計(jì)算相關(guān)性假栓，并畫出熱圖寻行，例如（圖） 2.思路 其實(shí)就是把完整的相關(guān)性矩陣切出一部分，像這樣 只拿左上角或者右下角來畫熱圖就好啦匾荆。 3.代碼實(shí)現(xiàn)...
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相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖寫在前面我8月26號(hào)踏著歡快的腳步回家度假，原計(jì)劃9月5號(hào)回珠海杆烁，結(jié)果返程飛機(jī)被連環(huán)取消了三次牙丽，我滯留在家5天了，已經(jīng)搭好戲臺(tái)子在家講課兔魂，打算等沒課的周天再走烤芦。。析校。 1.從一...
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GOplot | 更美觀的富集分析可視化GOplot | 更美觀的富集分析可視化 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 GOplot使用了zscore概念构罗，但其并不是指Z-score標(biāo)準(zhǔn)化，而是指每個(gè)GO term下上調(diào)(logFC>0)基因...
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批量計(jì)算表達(dá)矩陣任意兩個(gè)基因的相關(guān)性
今天寫了個(gè)函數(shù)智玻，批量計(jì)算表達(dá)矩陣兩個(gè)基因之間的相關(guān)性遂唧，安裝這個(gè)小R包即可使用： 行名是兩個(gè)基因名，第一列是p值吊奢，第二列是相關(guān)系數(shù)盖彭。這個(gè)示例矩陣有100行，計(jì)算的結(jié)果有4950...
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基因表達(dá)相關(guān)性也可以用弦圖可視化（R語(yǔ)言）表達(dá)譜分析中，經(jīng)常會(huì)使用到相關(guān)性分析召边，探索一組基因間的共表達(dá)特征铺呵。例如，這些基因間的表達(dá)是否存在較強(qiáng)的協(xié)同性隧熙，一個(gè)基因表達(dá)值的改變是否與另一個(gè)基因表達(dá)值改變顯著相關(guān)片挂，它們之間...
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單細(xì)胞測(cè)序——髓系細(xì)胞注釋marker主要根據(jù)文獻(xiàn)中的描述與方法 髓系細(xì)胞分類 巨噬細(xì)胞，單核細(xì)胞贞盯，DC細(xì)胞 文獻(xiàn)一：Single-cell landscape of the ecosystem in early...
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免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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批次效應(yīng)及多數(shù)據(jù)集合并
如何判斷有批次效應(yīng) 數(shù)據(jù)集中明確說明 Boxplot圖 聚類樹 PCA分析 芯片數(shù)據(jù)的處理 1.批次效應(yīng)不能被消除邻悬，只有盡可能的降低症昏。2.是否會(huì)矯枉過正？① 聯(lián)合分析正常組為...
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富集分析不光有條帶圖和點(diǎn)圖父丰，還有...參考資料 南方醫(yī)科大學(xué)網(wǎng)紅博導(dǎo)Y叔的一本神奇的書https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/chapter12.html...
