寫在前面 前天拆祈，在學(xué)位論文的完善中，有兩個(gè)疑似ERF成員始終令我困擾掩完。植物轉(zhuǎn)錄因子中有個(gè)超家族AP2根盒，包括兩個(gè)亞家族锋拖，一個(gè)也叫AP2崔梗，另一個(gè)叫ERF镰惦。前者往往含有兩個(gè)AP2結(jié)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：廣東
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Batch SMART 最強(qiáng)序列特征[結(jié)構(gòu)域]預(yù)測(cè)軟件 -
Alphafold2的conda版本的本地使用
由于xx原因，需要用Alphafold2的conda版本的本地版本滨达。所以花了兩三天終于把a(bǔ)lphafold2的conda本地版本給安裝上了奶稠，主要是下載數(shù)據(jù)比較麻煩和費(fèi)時(shí)間，總...
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Day3-5 分支結(jié)構(gòu)捡遍、循環(huán)結(jié)構(gòu)和構(gòu)造程序
1锌订、分支結(jié)構(gòu) 其他程序語(yǔ)言，一般需要用花括號(hào){}來(lái)構(gòu)造分支結(jié)構(gòu)画株，但python主要靠縮進(jìn)辆飘，相同縮進(jìn)的程序?yàn)橥粋€(gè)代碼塊。這個(gè)特性谓传，使python具有非常好的可讀性蜈项。一般建議代...
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Day 2 語(yǔ)言元素
語(yǔ)言元素 變量和類型 python支持以下數(shù)據(jù)類型： 整型：任意大小的整數(shù)，python 3 只有int類型续挟。 浮點(diǎn)型：任意小數(shù)紧卒，支持科學(xué)計(jì)數(shù)法。 字符串：文本字符诗祸，一般用單...
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學(xué)會(huì)perl或python跑芳，自己寫代碼修改
‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
兩種原因，ChIPseeker會(huì)出現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò) ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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Day 1 初識(shí)Python
Python 的歷史 python是由荷蘭程序員Guido von Rossum開發(fā)直颅，當(dāng)時(shí)計(jì)算機(jī)性能弱博个，社會(huì)上的主要語(yǔ)言以優(yōu)化性能為目的，導(dǎo)致語(yǔ)言的易讀性非常糟糕功偿。 Guid...
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NCBI下載SRA數(shù)據(jù)的4種方法??作為生命科學(xué)的從事者盆佣，不論是老師或者學(xué)生都應(yīng)該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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2020-02-11 “慢”談遺傳度 01如果不談公式，什么是遺傳度械荷？ 從一個(gè)困擾的問題開始 是否你們也曾被這樣一個(gè)問題困擾：找對(duì)象共耍。找對(duì)象難、狗糧難咽已經(jīng)成了當(dāng)代年輕人吨瞎，哦不痹兜，中年人時(shí)常掛在嘴邊的話題。 不知道今年...
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‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
兩種原因关拒，ChIPseeker會(huì)出現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò) ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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@蘇點(diǎn)點(diǎn) Power值是為了冪次運(yùn)算后使數(shù)據(jù)復(fù)合冪律分布佃蚜，而是否符合冪律分布是通過判斷l(xiāng)og10運(yùn)算后的連通值與頻數(shù)是否線性相關(guān)判定的庸娱，并用決定系數(shù)R2作為判斷指標(biāo)。注意谐算，1熟尉，這個(gè)過程是充分不必要條件，某些情況下R2很高洲脂，但是逆運(yùn)算后數(shù)據(jù)不符合冪律分布斤儿，例如y=ax+b，a=0恐锦；2往果，歸回模型可能受到某個(gè)或幾個(gè)權(quán)重點(diǎn)的干擾，使R2很高一铅。所以陕贮，power為1時(shí)，R2=0.9應(yīng)該謹(jǐn)慎看待潘飘，建議繪制Histogram of K條形圖和log10(K) ~ log10(p(K))散點(diǎn)圖觀察power為1時(shí)數(shù)據(jù)的具體分布肮之。
另外，對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行高冪次運(yùn)算后可以使最初相關(guān)系數(shù)區(qū)分更加明顯卜录，從這個(gè)角度說(shuō)power選為1也是不合適的戈擒。
針對(duì)你的數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō)，如果你用signed網(wǎng)絡(luò)艰毒，power可以用20筐高，如果用unsigned網(wǎng)絡(luò)，power人為定義為9丑瞧。WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無(wú)尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無(wú)尺度分布 假如我問大家柑土，如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人，需要通過幾個(gè)人來(lái)聯(lián)系嗦篱？ 6個(gè)冰单。 這個(gè)就是6度分隔...
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@youyi 不清楚
MethylKit 使用手冊(cè)
methylKit是一個(gè)用于分析DNA甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包幌缝，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋灸促。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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參考常見問答6
WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個(gè)問題：1.什么是無(wú)尺度分布2.手工計(jì)算軟閾值 無(wú)尺度分布 假如我問大家，如果你想認(rèn)識(shí)世界上的任何一個(gè)人涵卵，需要通過幾個(gè)人來(lái)聯(lián)系浴栽？ 6個(gè)。 這個(gè)就是6度分隔...
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使用bed12格式
MethylKit 使用手冊(cè)
methylKit是一個(gè)用于分析DNA甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)的R包轿偎，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點(diǎn)/區(qū)域的注釋典鸡。 1. 加載原始數(shù)據(jù) DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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TBtools | 全基因組特征標(biāo)記可視化 - 太簡(jiǎn)單！寫在前面 全基因組層面可視化特征標(biāo)記（如基因位點(diǎn)）坏晦，從文字標(biāo)簽到圖形標(biāo)簽萝玷。文字標(biāo)簽應(yīng)該是三四年前實(shí)現(xiàn)的嫁乘。圖形標(biāo)簽，Emmm球碉，事實(shí)上蜓斧，這個(gè)功能已經(jīng)實(shí)現(xiàn)了太久，以至于我自己只記得...
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太厲害了
IGV-基因組瀏覽器-改造記錄（四）
寫在前面 前述睁冬，我們已經(jīng)對(duì)IGV進(jìn)行了超過三次改造挎春，同時(shí)我也寫了三個(gè)推送。寫IGV改造系列推送的主要原因豆拨，事實(shí)是作為課題組成員使用改造的IGV時(shí)的參考教程直奋。在上一次RNAfo...
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IGV-基因組瀏覽器-改造記錄（四）寫在前面 前述脚线，我們已經(jīng)對(duì)IGV進(jìn)行了超過三次改造，同時(shí)我也寫了三個(gè)推送弥搞。寫IGV改造系列推送的主要原因殉挽，事實(shí)是作為課題組成員使用改造的IGV時(shí)的參考教程。在上一次RNAfo...
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Fastx-toolkit安裝及報(bào)錯(cuò)解決一：安裝 （1）安裝libgtextutils （2）安裝fastx-toolkit 二：報(bào)錯(cuò)解決 （1）編譯libgtextutils-0.7時(shí)報(bào)錯(cuò) （2）配置fastx-...
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@YANGSIYU 是的拓巧。另外斯碌，其他比對(duì)軟件也可以。
phASER 計(jì)算等位基因表達(dá)
等位基因的特定表達(dá)（allelespecificexpression肛度，ASE）數(shù)據(jù)是后續(xù)分多分析的基礎(chǔ)傻唾。利用它可以識(shí)別印記基因、研究蛋白截?cái)嘧儺愐约坝糜诹炕樖剑╟is）調(diào)...
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GATK用來(lái)call SNP承耿， sampleID在call SNP之前 Add group時(shí)添加冠骄。
phASER 計(jì)算等位基因表達(dá)
等位基因的特定表達(dá)（allelespecificexpression，ASE）數(shù)據(jù)是后續(xù)分多分析的基礎(chǔ)加袋。利用它可以識(shí)別印記基因凛辣、研究蛋白截?cái)嘧儺愐约坝糜诹炕樖剑╟is）調(diào)...
