作者：Raymon T編輯：angelica 外顯子組分析有助檢測(cè)出和疾病相關(guān)的編碼區(qū)突變，從而研究DNA變異對(duì)正常生物學(xué)機(jī)制與疾病發(fā)病機(jī)制的影響赊颠。繼上篇關(guān)于外顯子在實(shí)驗(yàn)方面...
IP屬地：廣東
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重磅干貨：外顯子的那些疑問(wèn)
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R-可視化之顏色與色板選擇在用R繪圖時(shí)圾结，顏色設(shè)置是美化過(guò)程中不可缺少的一步瑰剃，這次簡(jiǎn)單的學(xué)習(xí)與總結(jié)一下。 一筝野、在R中顏色的表示 （1） 顏色的名字 built-in color names R內(nèi)置了65...
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ROH分析及熱點(diǎn)區(qū)域計(jì)算0寫(xiě)在前面 腳本方面充斥著CHATGPT晌姚，復(fù)制粘貼。盡管每個(gè)步驟都實(shí)際運(yùn)行過(guò)歇竟，但因?yàn)槭且贿厡?shí)驗(yàn)一邊寫(xiě)挥唠，難免存在錯(cuò)誤各種排版，細(xì)節(jié)問(wèn)題懶得細(xì)摳了這篇文章又被鎖定了 1.文件處理...
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利用基因組信息改善牲畜 -綜述（2019）閱讀Michel Georges綜述的筆記。這邊綜述從家畜物種（即牛号坡、綿羊懊烤、山羊、豬宽堆、家禽和鮭魚(yú)）的可用基因組資源的狀況腌紧，以及如何使用這些資源來(lái)加速缺陷致病基因的發(fā)現(xiàn)和管理，...
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2-群體遺傳的基礎(chǔ)介紹1 易混淆的概念 等位基因（alleles）基因型（genotypes）單倍型（Haplotype）二倍型（Diplotype） 基因座位 VS. 等位基因 兩者的區(qū)別關(guān)鍵：...
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RNA-seq： 用perl進(jìn)行基因ID轉(zhuǎn)換RNAseq上游分析得到的矩陣通常是如下的基因id箱亿，這對(duì)于我們找差異基因不夠直觀跛锌，所以做差異分析之前一般會(huì)進(jìn)行一個(gè)基因id轉(zhuǎn)換。 輸入文件 即轉(zhuǎn)換為這種格式届惋，方法如下髓帽。 輸出...
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中科院博士 Candidate<br>生信小白<br>殺蟲(chóng)狂魔<br>微信公眾號(hào):顫抖吧小蟲(chóng)子
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GeneiASE —— ASE檢驗(yàn)
在ASEReadCounter完成位點(diǎn)的覆蓋度信息計(jì)數(shù)統(tǒng)計(jì)之后郑藏，還需要對(duì)位點(diǎn)添加基因ID衡查，隨后做二項(xiàng)分布和費(fèi)舍爾精確檢驗(yàn)，這里推薦GENEiase軟件必盖。 ASE （等位基因特...
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RNA-seq 檢測(cè)變異之 GATK 最佳實(shí)踐流程
tags： RNA-seq GATK STAR SNP INDEL RNA-seq 序列比對(duì) 對(duì) RNA-seq 產(chǎn)出的數(shù)據(jù)進(jìn)行變異檢測(cè)分析阁吝，與常規(guī)重測(cè)序的主要區(qū)別就在序列比...
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ASE （等位基因特異性表達(dá)）—— ASEReadCounter在遺傳時(shí)突勇，父本和母本等位基因的調(diào)控和表達(dá)不均，這被稱為等位基因特異性表達(dá)（ASE坷虑，allele-specific expression analysis）甲馋。表現(xiàn)為基因轉(zhuǎn)錄出的...
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等位基因特異性表達(dá)解讀
總結(jié)兩篇學(xué)位論文 奶牛全血轉(zhuǎn)錄組等位基因特異性表達(dá)分析/通過(guò)等位基因特異性表達(dá)研究雞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控模式 什么是ASE：等位基因特異性表達(dá)（ＡＳＥ）是一種新發(fā)現(xiàn)的遺傳現(xiàn)象，是指在相...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因組范圍應(yīng)用廣泛的分子標(biāo)記芹敌，本文介紹生態(tài)基因組學(xué)中利用GATK4軟件進(jìn)行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）痊远。以下所有分析過(guò)程...
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修改vcf文件中的樣本名稱
很多時(shí)候，call完變異后氏捞，需要對(duì)vcf文件中的樣本名進(jìn)行修改碧聪，小編這里分享一個(gè)修改ID的python腳本(若vcf比較大，建議只對(duì)表頭進(jìn)行修改液茎，然后cat在一起)： 注：c...
