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發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：猶他州
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Seurat取子集時(shí)會(huì)用到的函數(shù)和方法在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中寒砖，在確定細(xì)胞類(lèi)型后赐劣，除了可以進(jìn)行差異表達(dá)基因分析外，還可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞類(lèi)型進(jìn)行分析特定分析哩都，這時(shí)就需要我們提取細(xì)胞子集分開(kāi)處理了魁兼。 一、Seurat數(shù)據(jù)格式...
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docker | 生物信息實(shí)踐中 docker 常用命令寫(xiě)在前面 前述介紹了如何在「Windows」下安裝 WSL2+Docker漠嵌。類(lèi)似的操作咐汞，可以更為簡(jiǎn)單的在 MacOS 或者 Linux 下實(shí)現(xiàn)。一切目的儒鹿，我們要的就是「使用 ...
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R語(yǔ)言: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available for package ‘YYYY’PS：也適用于找不到包的情況化撕，不僅僅是依賴(lài)...最近整合了團(tuán)隊(duì)的幾部機(jī)器，做成了小集群约炎，于是很多計(jì)算環(huán)境重新部署植阴。這兩天有個(gè)項(xiàng)目需要返工，發(fā)現(xiàn)之前流程代碼無(wú)法正常運(yùn)行圾浅÷邮郑基于報(bào)...
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點(diǎn)點(diǎn)點(diǎn)，KEGG Pathway 通路富集分析寫(xiě)在前面 前段時(shí)間贱傀，推過(guò)兩個(gè)教程惨撇，分別是：1.《零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...》2.《「GO富集分析」從原理到實(shí)踐 ~ 零基礎(chǔ)掌握》 ...
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隨筆 | 做一個(gè)“有情懷”的人 - 關(guān)于軟件開(kāi)發(fā)和日常瑣事
想來(lái)想去府寒，倒是可以記錄一下最近的一些事件和思考。 刪了一行代碼报腔，功能加速 100 倍 寫(xiě)代碼也有好幾年了株搔，盡管是業(yè)余工作，但多少還是有一些提升纯蛾。肉眼可見(jiàn)的是纤房，開(kāi)發(fā)速度明顯下降...
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2020-01-24 【轉(zhuǎn)錄組】四、 samtools 轉(zhuǎn)換及排序命令格式: samtools view -Sb input.sam > output.bam # -S 輸入格式為sam翻诉，-b 輸出格式為bam 轉(zhuǎn)換成bam格式...
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教程 | 可視化 多組 基因差異表達(dá)分析 結(jié)果寫(xiě)在前面 最近做了一些轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析炮姨。想想，上一次這么精細(xì)地分析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)碰煌，都是三五年前的事情舒岸。整個(gè)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是一個(gè)器官的不同發(fā)育階段。按照最傳統(tǒng)的做法芦圾，不同階段蛾派，兩兩間進(jìn)行差...
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學(xué)好統(tǒng)計(jì)，我10分鐘就完成了別人服務(wù)器通宵才完成的分析果子老師做過(guò)一個(gè)非常驚人的舉動(dòng)，用DESeq2處理1225例樣本的TCGA數(shù)據(jù)洪乍，在沒(méi)有使用DESeq多線(xiàn)程參數(shù)parallel的情況下眯杏，跑了將近40個(gè)小時(shí)。 那么問(wèn)題來(lái)了壳澳，在...
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是結(jié)婚了么
隨筆 | 我的近日二三事
過(guò)去的兩三周岂贩，是華南農(nóng)的畢業(yè)季，而對(duì)于我來(lái)說(shuō)巷波，發(fā)生的事情也有一些河闰。下述以流水賬的形式記錄。 結(jié)束了一件事 過(guò)去一年左右褥紫，基本每個(gè)月都在處理老家的事情姜性，時(shí)機(jī)差不多了，索性做了最...
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曾有瞬間髓考，覺(jué)得自己心里有病
抑郁癥：常見(jiàn)也不常見(jiàn) 今天讀到一篇與名校學(xué)生抑郁癥有關(guān)的文章部念，突然有很多感觸。 世界衛(wèi)生組織對(duì)抑郁癥的定義是：一種常見(jiàn)精神疾患氨菇，患者心情郁悶儡炼，喪失興趣或享受感，產(chǎn)生負(fù)罪感查蓉，或...
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轉(zhuǎn)《什么是HTML標(biāo)簽乌询？HTML標(biāo)簽有什么作用？》
一豌研、HTML中的標(biāo)簽是什么妹田？ HTML標(biāo)簽[http://www.w3cschool.cn/htmltags/html-reference.html] 是由一對(duì)尖括號(hào)包裹的單...
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TBtools | 多圖合一至強(qiáng)版教程！進(jìn)化樹(shù) + Motifs + 結(jié)構(gòu)域 + 啟動(dòng)子 + 基因結(jié)構(gòu) + ....放一張效果圖鹃共，這些鬼佣，三四年前的東西，我其實(shí)一直懶得說(shuō)霜浴。 寫(xiě)在前面 “Gene Structure View (Advanced)”這個(gè)功能可以說(shuō)晶衷，也是一時(shí)興起寫(xiě)出來(lái)的。開(kāi)發(fā)的...
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插件 | Website Awesome 收錄有趣的科研的常用的網(wǎng)站~寫(xiě)在前面 今天是周二阴孟，吃完午飯回到電腦前晌纫，想著看個(gè)動(dòng)漫休閑一下。But永丝，我還是忘了網(wǎng)址到底是啥锹漱？對(duì)于一個(gè)沒(méi)有做網(wǎng)頁(yè)收藏夾的人來(lái)說(shuō)，確實(shí)是麻煩类溢。類(lèi)似的場(chǎng)景常常發(fā)生在： 下載文獻(xiàn)...
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貼心 | GXF Fix 修復(fù) / 優(yōu)化基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件 - GTF/GFF3寫(xiě)在前面 目前基因組測(cè)序和組裝成本幾乎已經(jīng)到任何一個(gè)課題組都可以單獨(dú)負(fù)擔(dān)的價(jià)碼凌蔬，大量物種的基因組序列被測(cè)定和釋放露懒。與此同時(shí)，對(duì)應(yīng)的基因結(jié)構(gòu)注釋信息文件砂心，如GTF或GFF3文件...
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過(guò)去說(shuō)complexheatmap太復(fù)雜懈词，是我太菜了寫(xiě)在前面 之前曾抱怨過(guò)complexheatmap太復(fù)雜了，現(xiàn)在我想說(shuō)是我太菜了辩诞。折騰了一圈complexheatmap后坎弯，發(fā)現(xiàn)complexheatmap真的是極致全面的一...
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Pannzer2 | 推薦一款強(qiáng)大的Gene Ontology注釋網(wǎng)站很多時(shí)候，我們一直想做到出色译暂，做到出彩抠忘，但是比我們優(yōu)秀的人，卻在相同的方向上外永，做了十年崎脉，出彩了十年，而且他們沒(méi)有停下腳步~~ 寫(xiě)在前面 Emmm伯顶，GO注釋常常是一個(gè)有點(diǎn)爭(zhēng)議的...
