最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多端铛，比如不能有多態(tài)位點，輸入的變異位點不能太多等疲眷。動不動就報錯禾蚕。 最近試了一下另...
IP屬地：河南
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推薦一個畫連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow幢尚，親測比haploview好用！
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基于Vcf文件進行基因單倍型分析單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱狂丝，在遺傳學上是指...
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Post-GWAS-LD圖與基因换淆，關聯結果一起可視化IntAssoplot包可以將GWAS結果和LD， 基因結構圖整合在一起畫出几颜。介紹來自：https://github.com/whweve/IntAssoPlot[https...
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群體遺傳 || Pophelper-群體結構可視化學習
Pophelper基本說明 群體遺傳下游分析中的一項常規(guī)分析即是群體結構的分層展示(STRUCTURE ANALYSIS)倍试，不同于系統(tǒng)樹和PCA，群體結構分層可以分斷出小群體...
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VCFtools的使用(參數說明)
寫在前面：當學習某一重要文件格式時蛋哭，更需要對此格式對應軟件工具進行全面的學習（如sam/bam——samtools）县习。在多次花時間寫腳本處理文件之后發(fā)現，80%左右的任務其實...
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vcftools安裝及基礎用法
vcftools是一種可以對VCF文件和BCF文件進行格式轉換及過濾的工具谆趾，功能非常強大躁愿，而且運算速度也很快。 1.下載及安裝 1.1 下載地址 http://vcftool...
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@Wei_Sun 挺好用的沪蓬，費了老大勁終于裝好了攘已，謝謝Wei_sun老師
vcftools安裝及基礎用法
vcftools是一種可以對VCF文件和BCF文件進行格式轉換及過濾的工具，功能非常強大怜跑，而且運算速度也很快样勃。 1.下載及安裝 1.1 下載地址 http://vcftool...
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hapmap 格式 轉化為Plink格式方法
1.需求說明 進行重測序或者GBS時，hapmap是比較常見的格式性芬，生信中經常使用這種格式峡眶。但是在GWAS和GS中，數據篩選植锉，質控辫樱，構建矩陣都是使用的plink的格式。本文介...
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5. GWAS：群體結構——Admixture群體結構是指材料的亞群分化情況俊庇，會導致標記間的非連鎖關聯狮暑，進而導致關聯分析結果出現假陽性鸡挠。 地理隔離、人工選擇搬男、移民和遺傳漂變等都可能導致群體分化拣展。 是指遺傳變異在物種或群體...
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8. GWAS：親緣關系——TASSEL&GCTA? 指在非家系群體或系譜不明確的群體中兩特定材料之間的遺傳相似度與任意材料之間的遺傳相似度的相對值； ? 材料間不平衡的血緣關系是導致標記出現非連鎖相關的另一個重要原因褐奴，小家...
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全基因組關聯分析（GWAS）-群體結構與親緣關系1按脚、群體結構及其對 GWAS 的影響 群體結構的來源image.png群體結構對GWAS的影響--混淆變量Ancestry可以導致混淆變量（confounding varia...
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3.1 GWAS：表型鑒定與記錄的基本原則和原始數據處理精確的表型檢測是關聯分析的關鍵，GWAS對數量性狀和質量性狀都適用敦冬。 1.各類性狀的特點及鑒定與考察建議 2.表型的基本處理 2.1 正態(tài)性檢驗 關聯分析屬于線性模型辅搬，要求...
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GWAS全基因組關聯分析全流程
拖拖拉拉用了一年時間才把GWAS整個流程捋完，從背景到code脖旱、還有過程中遇到的一些bug以及解決辦法堪遂，加起來也有二十余篇，按分析的流程整理出一份清單夯缺，也許以后有新的方法或者...
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GWAS理論 1-1 全基因組關聯分析基本概念和材料選擇先把GWAS系列課程看一遍蚤氏，后面再把不懂的東西再補充上來 一甘耿、概念和理論基礎 全基因組關聯分析定義 是對多個個體在全基因組范圍的遺傳變異（標記）多態(tài)性進行檢測踊兜，獲得基因型，進...
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GWAS全基因組關聯分析：TASSEL 5.0 Windows版軟件使用教程TASSEL的官方網站：https://tassel.bitbucket.io/[https://tassel.bitbucket.io/]在TASSEL的下載文件夾中......
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PCA原理解讀和繪制方法??該教程的PCA繪圖基于ggplot2佳恬，可以根據ggplot2語法對圖片進行額外的修改和保存捏境。 1. 基礎 PCA：全稱Principal Component Method...
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RIdeogram：染色體數據可視化的R包已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體，又如R包chromoMap毁葱，IdeoViz垫言，karyploteR，ggbio和在線工具Idiographica倾剿，雖然能繪制直的...
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小麥promoter最近看了個文章介紹plantpan平臺預測promoter最欠，好奇自己研究當中那幾個基因的promoter到底受什么基因調控示罗。畢竟在不同環(huán)境下表達不同惩猫，不同部位表達量也不同……...