Odds Ratios： 這里的odds ratios是事情發(fā)生與事情不發(fā)生的比先舉個(gè)例子吧置蜀，若有兩個(gè)人支持某球隊(duì)贏颤殴，四個(gè)人支持球隊(duì)輸崎苗，那么支持贏的odds ratios =...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：甘肅
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學(xué)習(xí)：StatQuest-Odds Ratios and Log(Odds Ratios)
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如何獲得BirdTree的一致樹(shù)（consensus tree）
以下只用到了R中的ape包 1. 從BirdTree下載大量樹(shù)文件 有Hackett和Ericson兩種backbone。文獻(xiàn)中見(jiàn)到的更多的是Hackett辽装。 一個(gè)文件是10...
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@生信小撰 學(xué)習(xí)了一下MK和HKA坡椒，應(yīng)該都是需要種內(nèi)的多態(tài)性信息，如果每個(gè)物種只有單個(gè)基因組應(yīng)該做不了
從參考基因組(序列)和SNPs(位點(diǎn))入手的Ka/Ks（dN/dS）選擇分析的基本思路流程
Update Mar 9, 2023: 多物種尋找orthologs可以用OrthoFinder： https://github.com/davidemms/OrthoFin...
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Hyphy尤溜，不亞于Paml的選擇壓力分析的優(yōu)秀軟件倔叼，使用指北
近幾年來(lái)，Hyphy的使用人數(shù)越來(lái)越來(lái)多宫莱，雖然不及paml丈攒，但這款軟件的一些優(yōu)秀特性使得它值得受到使用和關(guān)注僚纷。首先相比paml，hyphy有以下幾大優(yōu)點(diǎn)： 操作使用簡(jiǎn)單里烦。 運(yùn)...
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Multiz 使用陷阱
REF: https://www.biochen.org/cn/blog/[https://www.biochen.org/cn/blog/] axtToMaf 處最終命名...
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關(guān)于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列显设，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性框弛，經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的探索，對(duì)這兩款軟件已經(jīng)有了還算全面的認(rèn)識(shí)捕捂，在此記錄一下分...
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multiple whole genome alignment寫(xiě)在前面：在上億年的進(jìn)化歷程中瑟枫，基因組經(jīng)歷了大大小小的改變。從小的核苷酸突變指攒、插入慷妙、缺失到大的基因缺失、重復(fù)幽七、基因組重排和水平基因轉(zhuǎn)移景殷。基因組比對(duì)可以通過(guò)比對(duì)序列中的同源區(qū)域...
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現(xiàn)代共存理論MCT (Chesson 2000)
1. 摘要 物種共存（species coexistence）是生物多樣性維持研究中（maintenance of biodiversity）的焦點(diǎn)問(wèn)題澡屡。物種共存可以是穩(wěn)定的...
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浙江大學(xué)生態(tài)系（自然科學(xué)）<br>牛津大學(xué)地理系（社會(huì)科學(xué)）<br>愛(ài)好：閱讀驶鹉、寫(xiě)作绩蜻、數(shù)學(xué)、藝術(shù)<br>Email - haoran.wu@wolfson.ox.ac.uk<br>Website - <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fecology357067738.wordpress.com%2F" target="_blank">https://ecology357067738.wordpress.com/</a>
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廣度優(yōu)先搜索算法（BREADTH-FIRST-SEARCH）上次在介紹完功能強(qiáng)大的深度優(yōu)先搜索算法(DFS)后，這次我來(lái)給大家介紹一下另一個(gè)功能類似且同樣強(qiáng)大的經(jīng)典算法——廣度優(yōu)先搜索算法 Breadth-First-Search（B...
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一個(gè)簡(jiǎn)單的景觀生態(tài)學(xué)“斑塊”patch計(jì)數(shù)算法寫(xiě)了一個(gè)景觀生態(tài)學(xué)“斑塊”統(tǒng)計(jì)的比較簡(jiǎn)單的遞歸算法姚淆，每次發(fā)現(xiàn)一個(gè)斑塊（這里指考慮了標(biāo)準(zhǔn)化的正方形區(qū)域）孕蝉，向四個(gè)方向擴(kuò)散并判斷連接性，直到全部碰壁腌逢。然后把這些點(diǎn)放入列表里降淮，避免...
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集群各節(jié)點(diǎn)postgres開(kāi)放訪問(wèn)創(chuàng)建database以后，進(jìn)入data文件夾（也可以是用戶自定義的那個(gè)文件夾） 修改兩個(gè)文件：postgresql.conf 和 pg_hba.conf 1）postgres...
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Linux 非root用戶安裝postgres
首先得有root權(quán)限搏讶。Centos 7上已經(jīng)安裝了postgres佳鳖，后面需要把它停掉。 1）下載文件先安裝依賴：https://www.postgresql.org/down...
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非平穩(wěn)過(guò)程 Non-Stationary processhttps://www.investopedia.com/articles/trading/07/stationary.asp[https://www.investopedi...
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Multiverse Analyses 示例網(wǎng)站
https://explorablemultiverse.github.io[https://explorablemultiverse.github.io] 可交互的pape...
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Data Leakage了吧
Python+GBDT算法實(shí)戰(zhàn)——預(yù)測(cè)實(shí)現(xiàn)100%準(zhǔn)確率
原文地址：https://finthon.com/python-gbdt-prediction/-- 全文閱讀3分鐘 -- 在本文中媒惕，你將學(xué)習(xí)到以下內(nèi)容： GBDT算法實(shí)現(xiàn) ...
