一般還要加上保守序列建樹和全基因組建樹，才算
單拷貝直系同源基因構(gòu)建物種進(jìn)化樹最近用Orthofinder做物種進(jìn)化樹刷允，最后出來(lái)的物種樹的結(jié)構(gòu)跟已發(fā)表研究的結(jié)果差距較大瓦胎，在我的印象里Orthofinder軟件是用單拷貝直系同源基因進(jìn)行建樹的，然后跟老師...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：天津
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DUATION THESIS: 生態(tài)環(huán)境中的小可愛_枝角類_201905于獅子山-1摘要 枝角類是一種小型甲殼綱動(dòng)物，是淡水浮游動(dòng)物群落中的優(yōu)勢(shì)生物之一男旗，通常被稱為“水蚤”或“紅蟲”舶斧，隸屬于節(jié)肢動(dòng)物門、甲殼綱察皇，鰓足亞綱茴厉、枝角目。在進(jìn)化過(guò)程中什荣，為了更好的保證種...
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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@劉寧華 好的翠肘，我試試??
基因家族擴(kuò)張或收縮（未完待續(xù)）
基因家族擴(kuò)張或收縮吹缔，進(jìn)化樹1[http://www.reibang.com/p/8c6ef557cc71?from=singlemessage] 2[https://ww...
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非模式物種的一種簡(jiǎn)單版的go，kegg富集首先推薦Kobashttp://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/[http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas...
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r8s我總是make錯(cuò)誤的提示說(shuō)缺少文件廊移，你是怎么解決的糕簿？
基因家族擴(kuò)張或收縮（未完待續(xù)）
基因家族擴(kuò)張或收縮，進(jìn)化樹1[http://www.reibang.com/p/8c6ef557cc71?from=singlemessage] 2[https://ww...
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PyCharm激活碼前幾天pycharm激活時(shí)間過(guò)期了狡孔，想著正好可以用用Notepad++懂诗，可能是習(xí)慣了pycharm 的自動(dòng)補(bǔ)全，自動(dòng)糾錯(cuò)等一系列懶人操作苗膝，用了兩天各種不習(xí)慣殃恒，今天就哆嗦著把p...
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蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)https://www.uniprot.org/[https://www.uniprot.org/] 1.UniProtKB 包括Swiss-Prot和TrEMBL數(shù)據(jù)庫(kù)Un...
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DFAST-細(xì)菌基因注釋的又一選擇
之前一直用prokka來(lái)注釋細(xì)菌測(cè)序完成后得到的基因序列离唐，一方面是后續(xù)分析所用格式大部分都是需要prokka輸出的gff，另一方面也是自己先入為主認(rèn)為prokka就是注釋的唯...
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[比較基因組] 基因家族聚類(orthovenn2)orthovenn2[https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/home]image.png 點(diǎn)擊startimage.png 選擇物種對(duì)...
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COG database annotation
Step 1 wget -bc -r -np -nH -nd ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/COG/COG2020/data/fastawget -b...
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如何獲取KEGG Pathway上一個(gè)pathway的gene list首先導(dǎo)入相應(yīng)的R包和數(shù)據(jù)域庇。（上面程序里用到的幾個(gè)R包需要用biomanager來(lái)安裝嵌戈。）hsa_kegg_anno即包含了KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中，所有與人有關(guān)的pathway的全部...
