最近想用infercnv，然后我就安裝R包米同，會(huì)出現(xiàn)一個(gè)問題就是rjags安不上骇扇，問題checking version of JAGS library... link erro...
發(fā)簡信
IP屬地：安徽
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configure: error: Runtime link error linux安裝rjags找不到JAGS動(dòng)態(tài)鏈接庫 -
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biomaRt基因同源轉(zhuǎn)換時(shí) 使用中遇到Timeout was reached的解決辦法
根據(jù)之前別人po文中的代碼進(jìn)行面粮，發(fā)現(xiàn)行不通 出現(xiàn)了下面這樣子的報(bào)錯(cuò)： 看了下bioconduct上管理員還是誰回復(fù)的說是近期biomaRt上有很多下載大量數(shù)據(jù)的人少孝，導(dǎo)致速度變...
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如何從CisBP數(shù)據(jù)庫生成ArchR使用的Motif PWM文件1. 下載Cisbp數(shù)據(jù)庫中的motif文件 (1) 下載文件 CISBP數(shù)據(jù)庫[http://cisbp2.ccbr.utoronto.ca] 點(diǎn)擊Bulk downloa...
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解決RStudio Server: R is taking longer to start than usual
主要原因：當(dāng)使用RStudio Server處理占內(nèi)存極大的數(shù)據(jù)后贫母，長時(shí)間不清理內(nèi)存敞贡，不關(guān)閉rstudio，可能會(huì)產(chǎn)生此種問題蜈七，建議計(jì)算完畢后柴底，盡快清理內(nèi)存婿脸。 當(dāng)再次打開rs...
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讀《Computational-method-for-single-cell-data-analysis》跟著運(yùn)來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕似枕，讀幾本硬書盖淡，到老了慢慢反芻。 如果讓我推薦一本比較全面的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析教材凿歼，我想會(huì)是《Computational-method-f...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)四大過程組兩大知識領(lǐng)域與三重境界很多朋友問是如何保持閱讀量的褪迟，其實(shí)冗恨，大部分是之前的存貨。有一部分是每有會(huì)意味赃，把之前的舊書拿出來再翻一翻掀抹，做個(gè)導(dǎo)圖放上來的。今天心俗，我想和大家分享一點(diǎn)最近對單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)的理解傲武，...
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使用MAESTRO整合分析scRNA和scATAC
Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome a...
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使用lftp上傳數(shù)據(jù)到GEO，賊快城榛！推薦我之前在2021年寫過上傳數(shù)據(jù)到GEO數(shù)據(jù)庫獲得GEO號[http://www.reibang.com/p/003ef56dd311]揪利，那時(shí)候使用ncftpput上傳數(shù)據(jù)，...
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SCI文章寫作以及文章修稿的一點(diǎn)體會(huì)情感: 離上次寫筆記快半年之久了狠持，這半年來基本都把心思花在了一個(gè)課題上疟位。這兩日終于把文章修回去了，靜下來心來整理這個(gè)課題的結(jié)果喘垂，想著總結(jié)自己這半年來文章寫作以及文章修稿的一些...
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感謝甜刻，好棒呀，最近剛好需要這個(gè)Ｕ铡得院！
如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中章贞，必要的一步是對每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋祥绞，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說起個(gè)別名阱驾，這些信息都存在@meta.data信息里就谜，所以不用特意去更改細(xì)胞名字怪蔑，S...
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clustree ： 聚類可視化利器我們知道在研究問題時(shí)里覆，分組是很重要的，有分組才有故事可講缆瓣。比如喧枷，兩塊田一塊施肥一塊不施肥，可以做比較嘛弓坞。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中用到較多的數(shù)據(jù)分組技術(shù)是聚類（clustering）...
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STRINGDB包的簡單使用String是一個(gè)很好的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫隧甚，其不僅包含了直接物理作用的互作關(guān)系，還包含了蛋白之間以間接作用的互作關(guān)系渡冻。除了有實(shí)驗(yàn)證據(jù)支持的數(shù)據(jù)外戚扳，還有整合其他數(shù)據(jù)庫中的互作數(shù)...
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R語言程序包開發(fā)
R語言程序包開發(fā)： 轉(zhuǎn)載自： 挑圈聯(lián)靠， 想提高文章的引用率族吻？寫個(gè)R包吧帽借！系列傳送門 01 必備工具 前言 R語言程序包是R語言的靈魂珠增，是R語言的核心，每一個(gè)R語言用戶都會(huì)使...
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如何給Seurat對象的基因重命名砍艾？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中蒂教，必要的一步是對每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽脆荷，或者說起個(gè)別名凝垛，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字蜓谋，S...
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利用Linux下載阿里云以及諾禾云(諾禾致源)提供的測序數(shù)據(jù)早上在處理數(shù)據(jù)的時(shí)候梦皮，發(fā)現(xiàn)花的時(shí)間比預(yù)期多出一半，原本計(jì)劃45分鐘完成桃焕，花了一個(gè)半小時(shí)届氢，當(dāng)然啦，也有摸魚的水分在啦覆旭，哈哈哈哈退子，然后我想著還是整理出來一下數(shù)據(jù)下載流程，這樣方便...
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R語言1----桑基（sankey diagram）圖的繪制--sankeyD3在生信分析或者一些其他的數(shù)據(jù)分析中七兜，經(jīng)常會(huì)需要繪制赏杵荆基圖，在這里推薦一個(gè)非常nice的R包-sankeyD3（類似于networkD3腕铸，但是比其功能更加完善）惜犀，其出的桑基圖比...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— 聚類熱圖 ComplexHeatmap(一)前言 使用 pheatmap 已經(jīng)能夠繪制滿足大多數(shù)要求的聚類熱圖了狠裹。 受 pheatmap 包的啟發(fā)虽界，ComplexHeatmap 提供了對熱圖更多更靈活的控制，如多數(shù)據(jù)熱...
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愛生活愛學(xué)習(xí)愛運(yùn)動(dòng)的超級無敵鄭一一同學(xué)涛菠。偶爾郁悶莉御，偶爾低沉，但大多數(shù)都是積極向上俗冻。慢慢學(xué)會(huì)認(rèn)識自己的不足礁叔，坦然接受自己的平凡，努力去做好手頭上的工作迄薄，并慢慢去探尋自己喜歡并且熱愛的東西琅关。如果我的一輩子注定平凡，那么希望自己享受著平凡而美好的生活