組學(xué)工具合集 整理了一些目前知道的與組學(xué)相關(guān)的工具汰蓉，可能不全面，歡迎補(bǔ)充 基因組學(xué) 一代組裝 Celera Assembler: 最具代表性的工具 二代組裝 Minia SP...
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組學(xué)工具合集
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（下）最近剛返校，事情比較多雅潭，每天也很忙灯节，之前寫的《基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹構(gòu)建（上）》也一直沒來得及更新猾警，缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面的可視化妨蛹。最近在簡書上也收到了...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算一脂男、4Dtv（四倍簡并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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雛形 | 多物種基因組比較分析工具寫在前面 大量物種的基因組被報(bào)道养叛，越來越多的公開可獲取數(shù)據(jù)，使得我們可以針對自己的生物學(xué)問題宰翅，開展基本的比較基因組分析一铅。鑒于此，有必要搞一個(gè)工作臺式的功能堕油。于是，我在飛機(jī)上寫...
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用TBtools肮之，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線性分析與可視化掉缺， 贊！寫在前面 對于沒有做過共線性分析的小伙伴戈擒，可以通過以下幾段內(nèi)容眶明，了解一下，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫出這樣一張圖筐高。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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這或許是我寫的最全的BLAST教程Basic local alignment search tool (BLAST) 包括：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等....
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GATK4全基因組數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐,我以這篇文章為標(biāo)志,終結(jié)當(dāng)前WGS系列數(shù)據(jù)分析的流程主體問題 | 完全代碼這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實(shí)踐文章進(jìn)行重新梳理之后確定下來的分析流程搜囱，這是一個(gè)WGS的最佳實(shí)踐，它基于GATK4和我的實(shí)際經(jīng)驗(yàn)柑土，稍作修改即可應(yīng)用到實(shí)際的項(xiàng)目中蜀肘。我...
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QTL-seq 分析原理及流程1 原理 詳細(xì)信息參見2013年的QTL-seq 文獻(xiàn)，這里只做簡單介紹稽屏。 1.1 群體構(gòu)建 QTL-seq 將 BSA（bulked-segregant analysis）...
