我有兩個(gè)SNP的vcf文件祖驱,第一個(gè)文件是有
200個(gè)體,針對(duì)89條染色體做了個(gè)SNP篩選亥宿,另外一個(gè)是100個(gè)體利凑,針對(duì)與上述相同基因組文件的前20條染色體做了一個(gè)SNP.vcf文件〗ⅲ現(xiàn)在我想取他們兩個(gè)的SNP位點(diǎn)的合集嫌术,讓后做個(gè)曼哈頓圖,篩選出一定量的位點(diǎn)梳侨。bcftools isce 能做個(gè)分析嗎
使用bcftools提取vcf文件中的特定信息可以使用工具 bcftools 中的 view 命令結(jié)合選項(xiàng) -r 和 -s 來(lái)挑選特定的 SNP 位點(diǎn)蛉威。 選擇感興趣的樣本,使用 -s 選項(xiàng)走哺,比如選取樣本 A蚯嫌、B、C: 選...