生信工程師
發(fā)簡信
IP屬地：安徽
-
你好灌旧，我也遇到rpy2報錯虫啥，但嘗試pip install rpy2==1.8.4后掺逼，安裝不了显拜，顯示找不到這個版本衡奥，都是2以上的版本。請問远荠，你當(dāng)時有遇到這個問題嗎矮固？
Dapars尋找APA
1.下載ref：https://github.com/ZhengXia/dapars/releases 2.github主頁：https://github.com/Zheng...
-
請問peaks注釋那步bedPeaksFile是啥文件
使用ChIPseeker對找到的peaks文件進行注釋
from Jimmy 讀入peaks there are 26029 peaks for this data peaks性質(zhì) ChIP Peaks over Chromoso...
-
MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心档址，又辜負了努力
-
HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲守伸、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時查看，有需要歡迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
-
火起來的“相分離”是什么浦妄？相分離或者說相變（Phase separation尼摹，Phase Transition）是目前比較火的一個研究領(lǐng)域，已有的研究表明相分離在細胞中普遍存在剂娄，與基因組的組裝窘问、轉(zhuǎn)錄調(diào)...
-
-
用pathview包給KEGG pathway涂色
前幾天有個客戶給過來一個需求混埠，簡單說就是一堆基因列表附帶數(shù)值，需要將其按照數(shù)值不同涂色在KEGG pathway上诗轻。 這個活兒我還真沒干過钳宪，記得KEGG官網(wǎng)上有工具，去看了...
-
samtools扳炬，bedtools1 samtools ? SAM全稱是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比對或聯(lián)配數(shù)據(jù)的格式吏颖。無論是重測序，還是轉(zhuǎn)錄組恨樟，還是表觀組半醉， 幾乎所有...
-
-
中科院碩博生一枚胎许，用簡書來記錄自己精讀paper和學(xué)習(xí)生信的過程。
-
轉(zhuǎn)錄組入門(6)： reads計數(shù)要求 實現(xiàn)這個功能的軟件也很多罗售，還是煩請大家先自己搜索幾個教程辜窑，入門請統(tǒng)一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件寨躁。需要用腳本合并所有的樣本為表達矩陣穆碎。參考...
-
運行stingtie的時候，如果不選擇-e职恳，后面用不了prepDE.py所禀，會報錯方面。那也就是說，prepDE.py只能計算已知轉(zhuǎn)錄本的count色徘？
StringTie + DESeq2 進行 RNA-seq 差異基因分析
按：RNA-seq 流程非常多樣化恭金，每一個步驟可選工具都非常多。我的選擇是 StringTie 進行組裝取得 read counts 數(shù)值褂策，DESeq2 分析差異基因横腿。這里把...
