首先划提，一般我們分析水稻的數(shù)據(jù)時候分瘾，選用的是MSU和RAPDB這兩個數(shù)據(jù)庫的genome和gtf文件移稳，這里只介紹MSU的ID，RAPDB的同理耕驰。 水稻GO分析的網(wǎng)站很多（這里不...
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水稻GO和KEGG分析 -
GWAS理論 1-2 表型考察處理與標(biāo)記開發(fā)和分型一、表型鑒定與記錄的基本原則和原始數(shù)據(jù)處理 基因型分型基因型分型（英語：genotyping）是一個通過生物檢定法檢測某一個體的DNA序列，并對比參照其他個體的基因型或序列的...
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GWAS理論 1-1 全基因組關(guān)聯(lián)分析基本概念和材料選擇先把GWAS系列課程看一遍般此，后面再把不懂的東西再補充上來 一、概念和理論基礎(chǔ) 全基因組關(guān)聯(lián)分析定義 是對多個個體在全基因組范圍的遺傳變異（標(biāo)記）多態(tài)性進(jìn)行檢測牵现，獲得基因型铐懊，進(jìn)...
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GWAS理論 1-3 群體結(jié)構(gòu)與親緣關(guān)系評估一. 群體結(jié)構(gòu)評估 1.群體結(jié)構(gòu) 群體結(jié)構(gòu)評估內(nèi)容構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹群體結(jié)構(gòu)分析PCA（主成分分析） a.系統(tǒng)發(fā)育樹 一般 GWAS 都是種間的科乎，用 NJ 法就可以，maga 就...
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Cytoscape構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖實操基礎(chǔ)理論 網(wǎng)絡(luò)圖 網(wǎng)絡(luò)圖非常常見碴倾，不僅被用在生物信息學(xué)分析，在生活中也很常見掉丽，如民航航線圖跌榔、食物鏈、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)都是網(wǎng)絡(luò)圖經(jīng)典的例子捶障。 網(wǎng)絡(luò)圖應(yīng)用價值 直觀形象的呈現(xiàn)數(shù)據(jù)關(guān)系...
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WGCNA（7）：重新繪制GS—MM散點圖GS-MM散點圖用于篩選hub gene僧须，但是之前的圖實在是有點丑，放在文章里好像有點拉胯残邀，所以準(zhǔn)備重新繪制皆辽。前期過程在專題（3）中已經(jīng)介紹過了，這里只有后期優(yōu)化芥挣。WGCNA...
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WGCNA關(guān)鍵模塊和hub基因篩選
WGCNA的理論背景知識[http://www.reibang.com/p/e102681ec979]WGCNA的詳細(xì)分析流程[https://www.jianshu.co...
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關(guān)鍵基因和hub基因（生物網(wǎng)絡(luò)角度）寫在前面 簡單來說驱闷，hub基因就是網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點連接的瓶頸基因，一個連接了很多節(jié)點的基因空免。這篇文章仍然來自幾篇文章及自己平時的積累空另，主要闡述關(guān)鍵基因和hub基因。很多人誤以為hu...
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WGCNA（6）：篩選 hub gene通過前期的分析蹋砚，我們確定了感興趣的module扼菠，但是module中又含有幾十甚至上百的基因摄杂，下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA（3）：基因模塊與性狀關(guān)聯(lián)識別重...
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如何將WGCNA導(dǎo)出的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化（cytoscape軟件的使用）WGCNA分析過程中循榆，你可以得到edge和node的文件析恢，里面有你某一個module里所有基因相互之間的connectivity的weight值，根據(jù)這些值你可以將它們之間的...
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WGCNA學(xué)習(xí)：WGCNA分析原理本教程根據(jù)PlantTech的WGCNA課程編寫秧饮，課程還是不錯的映挂，所以將該課程給大家分享一下。 WGCNA筆記第一彈 WGCNA分析原理 WGCNA應(yīng)用場景 WGCNA分析實...
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折騰了許久才復(fù)現(xiàn)出的WGCNA圖-GSE106292你值得擁有
前些天老大布置了WGCNA的作業(yè)：下載GSE106292 數(shù)據(jù)集的 Excel表格如何讀入R里面盗尸，做出作者文章中那樣的圖柑船，但是分組很復(fù)雜，需要去文章中找細(xì)節(jié)內(nèi)容泼各，老大jimm...
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因為樣本數(shù)量比較可觀鞍时，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析扣蜻，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合逆巍，或者顯著差異表達(dá)的基因集合等等。...
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WGCNA分析莽使，簡單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程蒸苇，參考了最新的文檔。第一全的還在路上吮旅，會出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測序分析實戰(zhàn)班上，歡迎點擊鏈接了解更多味咳。 WGC...
