針對(duì)上次RIP-MTO1 返回來(lái)的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析 1. fastqc 檢查下數(shù)據(jù)質(zhì)量 結(jié)果顯示已去除接頭 2. flash 雙端測(cè)序reads 進(jìn)行拼接 生成了6個(gè)文件 FL...
IP屬地：甘肅
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2022-09-29 分析MTO1_RIP 線粒體RNA的分布 -
2022-09-23 small RNA 分析ncRNA 注釋[【基因組注釋】ncRNA注釋 原創(chuàng)]（https://blog.51cto.com/u_15668923/5639934[https://blog.51cto.com/u_...
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2022-09-30 mto1_rip 3和5 序列分析1. fastq 轉(zhuǎn)換為fasta 格式 利用之前的perl程序隧膏，生成uniq的序列文件枉侧，readcounts文件，長(zhǎng)度分布文件 perl groupReads.pl MTO...
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2022-10-11 trit1 3 5端分析flash 合并雙端讀數(shù) 轉(zhuǎn)為fa文件 uniq 序列 makeblastdb -in ./mito_index/Danio_rerio.GRCz11.dna.chromos...
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2023-01-10 gsea
https://www.sohu.com/a/281843011_120055884[https://www.sohu.com/a/281843011_120055884]h...
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ChatGPT加持的微軟New Bing（國(guó)內(nèi)申請(qǐng)與使用）新必應(yīng)申請(qǐng) 下載安裝 Edge dev 版本尖殃，這個(gè)版本可以直接申請(qǐng)(不用梯子)使用 Edge dev 下載鏈接：www.microsoftedgeinsider.com/zh...
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2023-02-14 文本改寫https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRewriting/API.html[https://www.xfyun.cn/doc/nlp/textRe...
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GSEA富集分析基本概念 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)是一種的計(jì)算方法，用于評(píng)估在一個(gè)預(yù)設(shè)訂的基因集中，兩個(gè)生物學(xué)數(shù)據(jù)集間收奔，是否存在統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著且一...
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2022-12-11 斑馬魚8和16 時(shí)序GO 分析Mfuzz做轉(zhuǎn)錄變化的時(shí)間趨勢(shì)分析后對(duì)每個(gè)趨勢(shì)分組挑一個(gè)代表性基因https://cloud.tencent.com/developer/article/2018571[ht...
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2022-10-16 bowtie-bowtie2去核糖體RNA
http://www.reibang.com/p/1cf3465b7e49[http://www.reibang.com/p/1cf3465b7e49]
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2022-12-11 避免不同R包荧飞，里面相同參數(shù)名字干擾help(simplify)發(fā)現(xiàn)有包的函數(shù)重復(fù)args(simplify) 查看目前函數(shù)用的哪些參數(shù)想用clusterProfiler里面的simplify 函數(shù)凡人，但是pur...
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bowtie-bowtie2去核糖體RNA一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列叹阔，用于建立索引 打開(kāi)NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“ 點(diǎn)擊 Ovis a...
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small RNA學(xué)習(xí)（一）：GEO數(shù)據(jù)下載一般在轉(zhuǎn)錄組或者基因表達(dá)相關(guān)的文獻(xiàn)中挠轴，末尾都會(huì)附上Accession Numbers，可以用這個(gè)編號(hào)在GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫(kù)上下載該研...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF軟件是基因組注釋中常用于檢測(cè)序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件耳幢，無(wú)需安裝岸晦，使用簡(jiǎn)單方便。 1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）睛藻； 串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >...
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miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads启上，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【一】該教程分為2部分店印，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw reads碧绞，鑒定已知miRNA-預(yù)測(cè)新miRNA，到表達(dá)矩陣【二】 因?yàn)橹芭龅?..
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批量導(dǎo)入NCBI下載到本地的引文到EndnoteEndnote可以批量導(dǎo)入pdf格式文件吱窝。但對(duì)下載到本地的引文無(wú)法批量導(dǎo)入讥邻。如果本地有很多這種引文迫靖，那一個(gè)個(gè)導(dǎo)入很麻煩⌒耸梗可以用以下批處理命令實(shí)現(xiàn)一次導(dǎo)入 存為.bat格式即可...
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2022-07-29 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)與DAVID如輸入mir29a系宜，結(jié)果如下 數(shù)據(jù)集 表達(dá)譜 GEO數(shù)據(jù)庫(kù)類型 系列GSE ; 平臺(tái) GPL; 樣本 GSA; 物種 G 從主頁(yè)中點(diǎn)擊以上任何一個(gè)類型 GEO數(shù)...
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2022-06-04 cytosacape 運(yùn)用cytoscape 安裝過(guò)程，一直默認(rèn)即可发魄，不需要更改位置安裝教程參考https://cloud.tencent.com/developer/news/96301[https...
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轉(zhuǎn)錄組不求人系列(九)：FPKM值基因表達(dá)量的計(jì)算盹牧、基因ID轉(zhuǎn)gene symbol的例子
高通量測(cè)序數(shù)據(jù)一般公司都會(huì)提供兩種矩陣，一種是Row counts励幼，前面說(shuō)過(guò)的用于差異基因的篩選汰寓。第二種是FPKM值，可以理解為轉(zhuǎn)錄組基因的表達(dá)矩陣苹粟，可以用于做熱圖和基因表達(dá)...