本節(jié)簡(jiǎn)單介紹Aspera安裝和使用晾匠，并給出利用SRR號(hào)批量下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù)的方法，通過比較發(fā)現(xiàn)aspera的下載速度與prefetch相比有了質(zhì)的飛躍 前言：我們下...
IP屬地：重慶
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Aspera——碾壓prefetch命令的存在, 利用SRR號(hào)批量高效下載FASTQ或SRA數(shù)據(jù) -
基因組組裝----SOAPdenovo21.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下： (1) 測(cè)序得到raw reads序列。 (2) Reads質(zhì)量評(píng)估恕汇。 (3) 原始reads質(zhì)控。 (4) 選擇合適的參數(shù)...
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測(cè)序中加入Phix的作用
轉(zhuǎn)自http://www.zxzyl.com/archives/789 測(cè)序中加入Phix的作用 測(cè)序建庫的時(shí)候，會(huì)加入一定比例的Phix，那么Phix文庫有什么作用呢枢里，我轉(zhuǎn)...
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16S擴(kuò)增子之Vsearch使用
1.概覽 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.質(zhì)量控制（fastx_filter） 去冗余與聚類生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
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宏基因組分析流程分析內(nèi)容如下圖所示： 具體分析步驟如下： 數(shù)據(jù)質(zhì)控，使用 kneaddata 軟件蹂午， 該軟件先調(diào)用 Trimmomatic 過濾數(shù)據(jù)栏豺，然后利用 bowtie2 或 bmtag...
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為什么 BAM 文件 sort 之后體積會(huì)變小
測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)結(jié)果 BAM 文件用 samtools 進(jìn)行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當(dāng)時(shí)懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了？于是統(tǒng)計(jì)了一下原始...
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全基因組關(guān)聯(lián)分析
全基因組關(guān)聯(lián)分析 1.1 SNP 數(shù)據(jù)GWAS分析1.1.1 文件準(zhǔn)備1.1.2 GWAS分析 emmax：gwas分析軟件tassel: gwas分析admixture:...
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Metabolic interaction models recapitulate leaf microbiota ecology
微生物形成和植物健康和0生態(tài)系統(tǒng)功能密切相關(guān)豆胸。在環(huán)境背景下決定物種豐度機(jī)制不清楚奥洼，由于在植物葉際資源可用有限性，了解微生物分布和代謝能力可以為猜測(cè)物種間相互作用的奉獻(xiàn)程度配乱、植...
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宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶名賬戶密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
