擬時(shí)序（pseudotime）分析鸦概，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析烛谊，根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況通過擬時(shí)分析可以來推斷發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析筆記5: 擬時(shí)序分析（monocle2) -
單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-25.細(xì)胞類型注釋 多樣本的注釋和單樣本的是一樣的愕撰。用的之前的自動(dòng)注釋 6.分組可視化及組間細(xì)胞比例比較 示例中：54 55 56是實(shí)驗(yàn)組乎澄，57 58 59是對照如果看不到害晦，需...
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單細(xì)胞Day7-多樣本數(shù)據(jù)-11.下載并整理數(shù)據(jù) 演示數(shù)據(jù)：GSE231920骆膝，3個(gè)treat+3個(gè)control 1.1字符串處理的函數(shù) stringr包里的函數(shù)：str_sub()：用于從字符串中提取...
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Seurat包合并多個(gè)單細(xì)胞樣本示例數(shù)據(jù)：GSE139324有63個(gè)samples。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1393241...
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跟著 Cell 學(xué)作圖 | 5.UMAP降維分析跟著 Cell 學(xué)作圖 | 5.UMAP降維分析 “實(shí)踐是檢驗(yàn)真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)嚼摩∏栈洌”“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法≌砻妫” DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.03...
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GSVA + limma進(jìn)行差異通路分析
一般我們做GSEA都是先進(jìn)行差異基因分析愿卒，然后取差異倍數(shù)排序結(jié)果進(jìn)行GSEA。但如果你沒有條件進(jìn)行差異基因分析也可以進(jìn)行GSEA潮秘，這就是ssGSEA(single sampl...
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主成分分析-PCA圖的優(yōu)化（R語言）
R語言的主成分分析（PCA）詳解和帶聚類的PCA圖繪制 最近有個(gè)老師在整理文章數(shù)據(jù)掘猿，由于分組較多，想展示PCA圖唇跨，說明不同分組的差異稠通，公司默認(rèn)給出的PCA圖比較樸素衬衬，想做的好...
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PCA(principal component analysis,主成分分析)1. 簡介 PCA(Principal Components Analysis)即主成分分析，也稱主分量分析或主成分回歸分析法改橘，是一種無監(jiān)督的數(shù)據(jù)降維方法滋尉。首先利用線性變換，...
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中科院研究生在讀，努力學(xué)習(xí)中
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（八）：GSVA——基因集變異分析本節(jié)概覽：1.GSVA簡單介紹2.基因集的下載讀取: 手動(dòng)與msigdbr包下載3.GSVA的運(yùn)行4.limma差異分析5.GSVA結(jié)果可視化：熱圖碌识、火山圖碾篡、發(fā)散條形圖/柱形...
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CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA設(shè)計(jì)大佬說，我只說一次筏餐，你自己要記住以最火熱的p53為例 Step 1 先找p53基因序列 1. NCBI--輸入p53并選擇物種human：tumor protein p53 ...
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Depmap portalDepMap: The Cancer Dependency Map Project at Broad Institute[https://depmap.org/portal/...
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【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件GSEA文件有8類基因集开泽，基本上可以解決80%-90%用到的問題，當(dāng)然魁瞪，我們都還有個(gè)性化需求穆律，這個(gè)時(shí)候就需要我們自己動(dòng)手啦。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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小潔老師您好导俘，請問一下CCLE數(shù)據(jù)庫有臨床信息嗎峦耘？能不能做生存分析呢？
ccle數(shù)據(jù)下載和整理
0.數(shù)據(jù)下載 網(wǎng)址：https://sites.broadinstitute.org/ccle[https://sites.broadinstitute.org/ccle] ...
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GSEAGSEA背景 比如你讀到一篇文獻(xiàn)，里面的作者設(shè)計(jì)了一系列實(shí)驗(yàn)少梁，其中一個(gè)實(shí)驗(yàn)是洛口，knock down基因X，對WT和KD進(jìn)行RNA-seq實(shí)驗(yàn)猎莲，比較WT和KD的表達(dá)譜的變化，從...
