由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了脖旱，前幾天突然被要求分析一個(gè)文章的數(shù)據(jù)時(shí)有點(diǎn)亂了手腳罢吃，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。 假如你是小白跪但，也剛剛了解NG...
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程 -
分享個(gè)單細(xì)胞配受體互作強(qiáng)度的計(jì)算方法
前言 這一塊涉及到細(xì)胞通訊的內(nèi)容贩耐，那么目前定義細(xì)胞通訊利用的是細(xì)胞配體洽损，受體蛋白互作來定義的蛉幸，這里盜取一張示意圖（圖片來自百度） 聯(lián)想到單細(xì)胞數(shù)據(jù)來看，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)衡量的...
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2021-03-15 DepMap數(shù)據(jù)庫偶然發(fā)現(xiàn)了這個(gè)神奇的網(wǎng)站（https://depmap.org/portal/）孤页，對于實(shí)驗(yàn)狗的我而言尔苦，想想以前走的各種彎路，頓感相見恨晚靶惺允坚！廢話少敘，直接來看看這個(gè)DepM...
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有相關(guān)性就有因果關(guān)系嗎蛾号，教你玩轉(zhuǎn)孟德爾隨機(jī)化分析（mendelian randomization ）
流行病學(xué)研究常見的分析就是相關(guān)性分析了稠项。 相關(guān)性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路，比如缺乏元素A與某種癌癥相關(guān)鲜结，那么我們可以通過補(bǔ)充元素A來減少患癌率展运。這個(gè)結(jié)論的大前...
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利用10X單細(xì)胞eQTL定位確定自身免疫性疾病的細(xì)胞類型特異性基因控制周二了活逆，新的一周，雖然內(nèi)心一直想躺平拗胜，一直想回家蔗候，但是最終還是屈服，坐起來好好工作埂软，不知道30歲一事無成算不算就是失敗的人生锈遥，人是不是總是在矛盾中前進(jìn)，也不知道前面有什么勘畔，或...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之leidenhello所灸，大家好，今天我們來分享一下最新常用的聚類算法----leiden咖杂，其實(shí)大家在看Seurat的函數(shù)FindClusters可能會觀察到，其中有一個(gè)參數(shù)algorit...
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R Package Scissor 學(xué)習(xí)筆記簡介Scissor R包提出的Scissor算法(function Scissor)，這是一種新穎的單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析方法知纷。利用批量（bulk）表型從單細(xì)胞測序(scRNA-se...
