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用Seurat做RNA Velocity -
基于Seurat UAMP和celltype的RNA Velocity速率分析的全套流程參考資料：參考生物技能樹[https://mp.weixin.qq.com/s/TJsdj7qesZGlvmEkNLAy0A]Velocyto官網(wǎng)Tutorial[https...
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Seurat-單細胞差異表達分析
加載數(shù)據(jù) 此插圖強調(diào)了一些在Seurat中執(zhí)行差異表達的示例工作流程送膳。出于演示目的，我們將使用在第一個指導(dǎo)教程中創(chuàng)建的2700 PBMC對象丑蛤。您可以在此處[https://w...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析受裹，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程碌补，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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單細胞分析實錄(15): 基于monocle2的擬時序分析關(guān)于什么是“擬時序分析”名斟，可以參考本期推送的另一篇推文脑慧。這一篇直接演示代碼 monocle2這個軟件用得太多了，很多文章都是monocle2的圖砰盐。因為只使用表達矩陣作為輸入，...
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Seurat基因集打分函數(shù)AddModuleScore與之前學(xué)過的AUCell一樣岩梳，Seurat里面自帶的函數(shù)AddModuleScore也可以給細胞打分囊骤，我用之前拿的數(shù)據(jù)，把AUCell換成AddModuleScore玩一下冀值。...
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單細胞基因集打分實操之irGSEA
Immugent在推文一文帶你了解單細胞數(shù)據(jù)基因集打分的所有算法[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1Nw==&mid=...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好滑蚯，今天周一，做一個簡單的匯總抵栈，主要針對基因集打分告材，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍古劲，方法也很多斥赋，我們來總結(jié)一下。 研究背景 在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中产艾，整...
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劉小澤學(xué)習(xí)組合多個單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)劉小澤寫于19.10.8前幾天單細胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章：使用seurat3的merge功能整合8個10X單細胞轉(zhuǎn)錄組樣本這次根據(jù)推送滑绒，再結(jié)合自己的理解寫一...
